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Relations phylogénétiques chez le genre Avena déterminées d’après le gène nucléaire Pgk1

Peng, Y., Zhou, P., Zhao, J., Li, J., Lai, S., Tinker, N.A., Liao, S., Yan, H. (2018). Phylogenetic relationships in the genus avena based on the nuclear pgk1 gene, 13(11), http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0200047

Résumé

© Peng et al., 2018. Il s’agit d’un article en libre accès publié conformément aux conditions de la licence d’attribution de Creative Commons, qui autorise l’utilisation, la distribution et la reproduction sans restriction sur tout support, à condition que l’auteur original et la source soient mentionnés. Nous avons étudié les relations phylogénétiques entre 76 taxons d’Avena, représentant 14 diploïdes, huit tétraploïdes et quatre hexaploïdes, en utilisant le gène nucléaire d’origine plastidique de la phosphoglycérate kinase (Pgk1). Nous avons détecté une importante délétion (131 pb) chez tous les homéologues du génome C, ce qui a confirmé une divergence structurelle majeure entre les génomes A et C. L’analyse phylogénétique a montré que le génome Cp est plus étroitement lié aux espèces polyploïdes que le génome Cv. Nous avons mis en évidence deux haplotypes du gène Pgk1 dans la plupart des tétraploïdes à génome AB. Les deux types du groupe barbata ont présenté une relation étroite avec l’espèce diploïde à génome As, ce qui appuie l’hypothèse selon laquelle les génomes A et B sont tous deux dérivés d’un génome As. Nous avons également trouvé deux haplotypes chez l’A. agadiriana, lesquels ont présenté une relation étroite avec le diploïde à génome As et le diploïde à génome Ac, respectivement, ce qui souligne le rôle important du génome Ac dans l’évolution de l’A. agadiriana. Nous avons détecté trois homéologues du gène Pgk1 chez cinq obtentions hexaploïdes. Les homéologues qui pourraient représenter le génome D étaient étroitement groupés avec les tétraploïdes A. maroccana et A. murphyi, mais ne présentaient pas de relation étroite avec les espèces diploïdes.

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