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Dissipation des gènes de résistance aux antimicrobiens dans le compost issu de fumier de bovins après administration orale directe des antimicrobiens ou fortification post-excrétion

Xu, S., Amarakoon, I.D., Zaheer, R., Smith, A., Sura, S., Wang, G., Reuter, T., Zvomuya, F., Cessna, A.J., Larney, F.J., McAllister, T.A. (2018). Dissipation of antimicrobial resistance genes in compost originating from cattle manure after direct oral administration or post-excretion fortification of antimicrobials, 53(4), 373-384. http://dx.doi.org/10.1080/10934529.2017.1404337

Résumé

© 2018 Taylor & Francis Group, LLC. Nous avons comparé la dissipation des gènes de résistance aux antimicrobiens durant le compostage du fumier de bovins ayant subi une fortification et du fumier issu de bovins ayant reçu des antimicrobiens dans leur alimentation. Nous avons échantillonné le fumier de bovins ayant reçu des rations contenant par kg de matière sèche (MS) : (1) 44 mg de chlortétracycline (CTC), (2) une combinaison de 44 mg de chlortétracycline et de 44 mg de sulfaméthazine (CTCSMZ), (3) 11 mg de tylosine (TYL) ou (4) aucun antimicrobien (témoin). Le fumier a été composté durant 30 jours et a été retourné une seule fois, après 16 jours, pour induire un deuxième cycle de chauffage. L’ADNr 16S ainsi que les gènes de résistance à la tétracycline (tet), à l’érythromycine (erm) et à la sulfaméthazine (sul) ont été mesurés par PCR quantitative (qPCR). Les températures maximales ont varié entre 48 et 68 °C selon le traitement au cours du premier cycle de compostage, mais n’ont pas dépassé les 55 °C au cours du deuxième cycle, sauf dans le cas du traitement témoin. Le nombre de copies de L’ADNr 16S a diminué (P < 0,05) durant le compostage, mais il n’a pas été altéré par les antimicrobiens. À l’exception de tet(L), les gènes de résistance aux antimicrobiens ont diminué de 0,1–1,6 log10 g MS−1 au cours du premier cycle, mais certains gènes (tet[B], tet[L], erm[F], erm[X]) ont augmenté (P < 0,05) de 1,0–3,1 log10 g MS−1 durant le deuxième cycle. Pendant le compostage, les niveaux de tet(M) et de tet(W) dans le traitement CTC, d’erm(A), d’erm(B) et d’erm(X) dans le traitement TYL et de sul(1) dans le traitement CTCSMZ sont demeurés plus élevés (P < 0,05) dans les cas où ces traitements étaient intégrés à l’alimentation que dans le cas de la fortification. La dissipation des gènes de résistance aux antimicrobiens durant le compostage du fumier fortifié diffère de celle observée dans le cas du fumier des bovins ayant reçu les antimicrobiens dans leur ration, et elle ne correspond pas systématiquement à à dissipation des résidus d’antimicrobiens.

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