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Analyse moléculaire du microbiome du ver fildefer et sa variation d’un habitat à l’autre

Kabaluk, T., Li-Leger, E. 2017. A Molecular Survey of the Wireworm Microbiome and its Variation among Habitats. International Congress on Invertebrate Pathology and Microbial Control and 50th Annual Meeting of the Society for Invertebrate Pathology. La Jolla, August 13-17, 2017.

Résumé

Le ver fil de fer (ou larve du taupin) est une larve souterraine qui nuit grandement aux cultures agricoles et pour lequel on développe et commercialise des champignons entomopathogènes comme agents antiparasitaires. Il reste à élucider la façon dont les bactéries interagissent avec les agents pathogènes fongiques, puisque les interactions entre les microbes et leurs hôtes peut avoir des répercussions importantes sur le comportement et la valeur adaptative de l’hôte. Le séquençage de l’ADN et la biologie informatique ont permis la réalisation d’études génétiques complètes du microbiome d’un organisme et peuvent se faire assez facilement, révélant ainsi des taxons qui ne sont peut-être pas manifestes à partir des techniques d’isolement classiques comme la mise en culture sur boîte de Petri. L’identification des bactéries associées au ver fil-de-fer est la première étape vers l’élucidation des liens entre les organismes qui peuvent s’avérer très précieux pour créer des stratégies de lutte antiparasitaire plus efficaces. Le microbiome bactérien de cinq populations distinctes (sites situés dans des habitats différents) de vers fil-de-fer (Agriotes obscurus et A. lineatus) a été séquencé, révélant 609 unités taxonomiques opérationnelles (OTU) pour l’ensemble des individus. Les OTU les plus courantes à chaque site ont présenté un éventail varié de groupes bactériens; 40 générations étaient significativement différentes sur les cinq différents sites de collecte. Une analyse en coordonnées principales a révélé un regroupement de deux sites, ce qui indique une différence dans la composition des taxons qui semble indiquer que l’habitat peut influer sur les membres d’un microbiome. Les implications possibles sur le contrôle microbien du ver fil-de-fer font l’objet d’une étude. La symbiose/résistance à la maladie associée à certains taxons constituent d’ailleurs un domaine d’intérêt.

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