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Puce de génotypage SNP pour l’avoine hexaploïde

Tinker, N.A., Chao, S., Lazo, G.R., Oliver, R.E., Huang, Y.F., Poland, J.A., Jellen, E.N., Maughan, P.J., Kilian, A., Jackson, E.W. (2014). A SNP genotyping array for hexaploid oat, 7(3), http://dx.doi.org/10.3835/plantgenome2014.03.0010

Résumé

© Crop Science Society of America. Reconnaissant la nécessité d'un ensemble fiable de SNP de référence pour l'avoine hexaploïde cultivée (Avena sativa L.), nous avons mis au pont un modèle de puce (BeadChip) 6000 (6K) contenant 257 modèles Infinium I et 5486 Infinium II correspondant à 5743 SNP. De ce nombre, 4975 ont donné de bons résultats après la fabrication de la puce. Ces SNP ont été découverts à partir d'une variété de pipelines bioinformatiques dans de l'ADN complémentaire (ADNc) et de l'ADN génomique provenant de 20 cultivars d'avoine diversifiés ou plus. La puce a été validée à l’aide de 1100 échantillons de six lignées recombinantes pures de populations de cartographie, et de divers ensembles de cultivars d'avoine et de lignées de sélection. Ces échantillons ont fourni environ 3500 polymorphismes mendéliens. Nous présentons ici une annotation de ces SNP, y compris les méthodes qui ont permis de les découvrir, d’identifier les gènes et leur orthologie, les caractéristiques génétiques de la population et les positions provisoires sur une carte de consensus de l'avoine. Nous évaluons également une nouvelle méthode d'appel des SNP fondée sur les groupes (clusters). Les séquences de SNP sont publiées, et la plateforme complète de génotypage des SNP peut être achetée d'un tiers indépendant.

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