Sélection de la langue

Recherche

N (FR)Modélisation des effets hétérotiques chez le bovin de boucherie à l’aide de génotypes constitués de marqueurs de type SNP pangénomiques

Akanno EC, Abo-Ismail MK, Chen L, Crowley JJ, Wang Z, Li C, Basarab JA, MacNeil MD, Plastow GS. Modeling heterotic effects in beef cattle using genome-wide SNP-marker genotypes. J Anim Sci. 2018 Apr 3;96(3):830-845. doi: 10.1093/jas/skx002.  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

un des objectifs des programmes de croisement de bovins de boucherie commerciaux est d’optimiser simultanément le recours à des effets d’addition (différences entre les races) et les effets non additifs (hétérosis). Nous avons utilisé les données sur le génotype SNP50 de bovin d’Illumina et les données sur le phénotype de 6 794 bovins de boucherie multiraces et de races croisées pour prédire l’hétérosis génomique associé des traits de croissance et des traits liés à la carcasse en appliquant deux méthodes présumément linéairement proportionnelles à l’hétérosis. Les méthodes étaient les suivantes : 1) hétérozygosité conservée prédite à partir de fractions génomiques liées à la race (HET1) et 2) écart entre le phénotype ajusté des races croisées par rapport à la valeur médiane des parents (HET2). Pour comparer les méthodes, nous nous sommes fondés sur l’exactitude des prédictions tirée d’une validation croisée. Dans la présente, un échantillon aléatoire mutuellement exclusif de tous les animaux de race croisée (n = 5 327) a été réalisé pour former cinq groupes répétés cinq fois d’environ 1 065 animaux par groupe. Pour chaque analyse réalisée avec un réplicat, on désignait un groupe comme étant l’ensemble de validation, tandis que les quatre autres groupes étaient combinés pour former l’ensemble de référence. Le phénotype des animaux de l’ensemble de validation était présumé inconnu. Par conséquent, chaque animal était associé à des valeurs d’hétérosis prédites sans recourir à son propre phénotype, ce qui permettait de recourir à leur phénotype ajusté pour la validation. La même approche a servi à vérifier les effets d’une hétérosis prédite sur l’exactitude des valeurs génomiques d’élevage. Les résultats indiquaient des effets hétérotiques positifs pour les traits de croissance mais pas pour ceux de la carcasse, ce qui reflète l’importance de l’hétérosis dans les traits de croissance chez les bovins de boucherie. L’hétérosis prédite par la méthode HET1 présentait des bandes étroites de l’estimation de l’hétérosis dont la tendance semblait être similaire dans plusieurs groupes génétiques de bovins de boucherie, alors que les intervalles de la prédiction obtenus par la méthode HET2 étaient passablement grands. L’exactitude de la prédiction était supérieure pour la méthode HET2 (0,37 à 0,98) par rapport à la méthode HET1 (0,34 à 0,43). L’inclusion d’une hétérosis prédite (HET2) dans l’évaluation génomique a amélioré l’exactitude des valeurs génomiques d’élevage d’une valeur pouvant aller jusqu’à 20 % pour certains traits. Par conséquent, il est possible de prédire l’hétérosis, d’améliorer l’exactitude de la sélection génomique et par la suite, d’optimiser les programmes de croisement des races chez les bovins de boucherie.

Signaler un problème sur cette page
Veuillez cocher toutes les réponses pertinentes :
Date de modification :