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L’amplification du locus RG57 de Phytophthora infestans facilite l’identification in planta des génotypes de l’agent du mildiou au moyen du T­RFLP

Wijekoon, C.P., Pageni, B.B., Kalischuk, M.L., Lupwayi, N.Z., Kawchuk, L.M. (2017). Amplification of the Phytophthora infestans RG57 loci Facilitates in planta T-RFLP Identification of Late Blight Genotypes, 94(3), 251-257. http://dx.doi.org/10.1007/s12230-016-9560-2

Résumé

© The Potato Association of America, 2017. Le mildiou, causé par l’oomycète Phytophthora infestans (Mont.) de Bary, est une maladie dévastatrice chez la pomme de terre et la tomate qui entraîne des pertes de rendement et de qualité partout dans le monde. La maladie est apparue pour la première fois en Amérique centrale et s'est depuis propagée en Amérique du Nord, y compris aux États-Unis et au Canada. Plusieurs nouveaux génotypes de P. infestans ont récemment fait leur apparition, notamment US­22, US­23 et US­24. En raison des importantes répercussions économiques et environnementales, l'identification rapide des génotypes de P. infestans a suscité un intérêt croissant. En plus de fournir des précisions sur les diverses caractéristiques phénotypiques telles que la résistance aux fongicides, la préférence en matière d'hôte et la pathogénicité associées aux divers génotypes de P. infestans, les analyses génétiques peuvent fournir des données sur le déplacement des pathogènes et leur recombinaison potentielle. L'analyse du polymorphisme de longueur des fragments de restriction (RFLP) avec le locus RG57 est l'une des méthodes les plus fiables pour génotyper P. infestans. Toutefois, la méthode RFLP exige la multiplication et l'isolement de l'agent pathogène et des quantités d'ADN relativement importantes. L'isolement de l'agent du mildiou est parfois impossible en raison du mauvais état des tissus infectés ou de la présence de résidus de fongicides. Dans la présente étude, nous décrivons une méthode d'identification moléculaire in planta de P. infestans qui utilise le polymorphisme de longueur des fragments de restriction terminaux (T­RFLP) du locus RG57. Cet essai T­RFLP est suffisamment sensible pour détecter et différencier les génotypes de P. infestans directement in planta sans multiplication ni isolement de l'agent pathogène, ce qui facilite la mise en œuvre rapide de pratiques de gestion exemplaires.

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