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Identification des génotypes dominants de Phytophthora infestans au Canada à l’aide de la PCR en temps réel et de l’ASO-PCR

Marie-Claude Gagnon, Lawrence Kawchuk, D. Mathieu Tremblay, Odile Carisse, Giovanna Danies, William E. Fry, C. André Lévesque et Guillaume J. Bilodeau. (2016). Identification des génotypes dominants de Phytophthora infestans au Canada à l’aide de la PCR en temps réel et de l’ASO-PCR. Plant Disease 100 (7): 1482-1491. http://apsjournals.apsnet.org/doi/pdf/10.1094/PDIS-07-15-0763-RE

Résumé

Phytophthora infestans, une oomycète pathogène qui cause le mildiou chez la tomate et la pomme de terre, a des effets dévastateurs partout dans le monde. La composition génétique des populations de P. infestans au Canada a beaucoup changé au cours des dernières années, avec l’émergence de plusieurs nouveaux génotypes manifestant des types sexuels différents et une sensibilité différente au fongicide métalaxyl. Des marqueurs génétiques permettant d’évaluer rapidement les génotypes à partir d’une petite quantité de matériel biologique seraient utiles pour la détection précoce et la lutte contre ce pathogène au Canada. L’étude du génome de P. infestans a révélé plusieurs régions contenant des SNP, et ce, tant dans des gènes nucléaires que dans les séquences flanquantes de locus de microsatellites. Avec 14 des 50 SNP identifiés par séquençage, nous avons mis au point des épreuves d’ASO-PCR (pour Allele-specific oligonucleotide polymerase chain reaction). Neuf des épreuves optimisées ont été validées au moyen d’un test à l’aveugle comprenant P. infestans et d’autres espèces du genre Phytophthora. Ces épreuves ont révélé des profils diagnostiques uniques à chacun des cinq génotypes dominants au Canada. Les marqueurs mis au point dans cette étude peuvent être utilisés avec des échantillons environnementaux, comme des feuilles infectées, et contribueront aux outils génomiques disponibles pour évaluer la diversité génétique du P. infestans au niveau intraspécifique. Pour la lutte contre le mildiou, le signalement précoce de la présence de génotypes de P. infestans dans les champs de pommes de terre et de tomates aidera les producteurs à choisir les fongicides et les stratégies d’application les plus appropriés.

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