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Characterization of antimicrobial resistance and virulence genes in Enterococcus spp. isolated from retail meats in Alberta, Canada

Aslam, M., Diarra, M.S., Checkley, S.L., Bohaychuk, V.M., et Masson, L. (2012). « Characterization of antimicrobial resistance and virulence genes in Enterococcus spp. Isolated from retail meats in Alberta, Canada. », International Journal of Food Microbiology, 156(3), p. 222-230. doi : 10.1016/j.ijfoodmicro.2012.03.026  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

La présente étude visait à caractériser la résistance antimicrobienne (RA) et la virulence des génotypes d’Enterococcus spp., en particulier des génotypes d’Enterococcus faecalis isolé de la viande achetée dans des commerces de détail (2007‑2008) en Alberta, au Canada. Nous avons déterminé des associations statistiques non conditionnelles entre les phénotypes et les génotypes de RA d’une part, et les génotypes de virulence d’autre part. Nous avons évalué la sensibilité antimicrobienne de 532 isolats d’entérocoque composés d’un isolat de chaque échantillon positif. Nous avons utilisé une biopuce spécifique des entérocoques fabriquée sur mesure pour l’identification des espèces et la détection des gènes de RA et de virulence. Nous avons détecté E. faecalis dans plus de 94 % des échantillons de volaille, et dans environ 73 % des échantillons de bœuf et 86 % des échantillons de porc. Enterococcus faecium n’a pas été détecté dans la viande de dindon, et il était présent dans 2 % des échantillons de bœuf et de porc ainsi que dans 4 % des échantillons de poulet. Aucun des entéroques isolés n’était résistant aux antibiotiques d’importance clinique suivants : ciprofloxacine, daptomycine, linézolide et vancomycine. La multirésistance (3 antimicrobiens ou plus) était plus fréquente chez les isolats d’E. faecalis provenant du poulet et du dindon (91 %) que chez les isolats provenant du bœuf (14 %) ou du porc (45 %). Nous avons aussi remarqué divers degrés de résistance aux aminoglycosides. Les gènes de résistance les plus fréquemment trouvés chez E. faecalis étaient des gènes de résistance aux aminoglycosides (aac, aphA3, aadE, sat4, aadA), aux macrolides (ermB, ermA), aux tétracyclines (tetM, tetL, tetO), aux streptogramines (vatE), aux bacitracines (bcrR) et aux lincosamides (linB). Les gènes exprimant des facteurs de virulence tels que les substances d’agrégation (agg) et la cytolysine (cylA, cylB, cylL, cylM) ont été détectés plus souvent chez les isolats d’E. faecalis de la volaille et étaient associés de manière non conditionnelle aux gènes de résistance tetM, linB et crR. Les autres gènes de virulence codant l’adhésion (ace, efaAfs) et la gélatinase (gelE) ont aussi été détectés chez la majorité des isolats d’E. faecalis. Nous avons relevé des associations statistiques significatives entre les génotypes de résistance et les génotypes de virulence, ce qui permet de penser qu’ils auraient un lien physique avec un élément génétique commun. Notre étude souligne l’importance d’E. faecalis comme réservoir de gènes de résistance et de virulence et leur transfert possible aux humains par le truchement de la consommation de viande contaminée qui n’est pas assez cuite.

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