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Cartographie des locus quantitatifs associés à l'absorption de l'eau chez une lignée endogame de soja natto obtenue par recombinaison.

Molnar, S.J., Charette, M., et Cober, E.R. (2012). « Cartographie des locus quantitatifs associés à l'absorption de l'eau chez une lignée endogame de soja natto obtenue par recombinaison. », Canadian Journal of Plant Science, 92(2), p. 257-266. doi : 10.4141/CJPS2011-122  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

La première étape de la fabrication du natto consiste à faire tremper les petites graines de soja natto dans de l’eau. Les caractères génétiques facilitant l’absorption du liquide jouent un rôle dans la qualité du produit final. Dans le cadre de la présente étude, les auteurs ont recouru à la population d’une lignée endogame obtenue par recombinaison (LER), possédant des caractères d’absorption contrastants, pour cartographier les marqueurs moléculaires recombinants et ensuite s’en servir pour analyser les locus quantitatifs (LQ), en vue de préciser la génétique de l’absorption de l’eau et d’identifier les marqueurs susceptibles de faciliter l’amélioration génétique. Une population LER (AC Colibri x OT91-3) a été testée pendant de nombreuses années à Ottawa (Ontario), au Canada. Deux paramètres liés à l’absorption de l’eau (a16 et b) ont été estimés par ajustement de la courbe, de manière à obtenir une hausse exponentielle, jusqu’à un maximum. Les deux paramètres sont affectés par l’année, le génotype et leur interaction. Les auteurs ont aussi mesuré le rendement grainier, la composition des graines et les paramètres agronomiques. Des microsatellites (marqueurs SSR) ont permis de génotyper la population et de dresser une carte des recombinaisons. L’analyse des LQ a permis d’identifier deux LQ pour a16 sur les groupes de liaison moléculaire (GLM) D2 et E, et trois LQ pour b sur les GLM A2, J et M. Trois de ces LQ représentent un écart similaire à celui des QL connus pour le poids des graines, le rendement grainier et le remplissage du grain dans diverses populations. Il se peut que le quatrième corresponde à un LQ pour la capacité d’absorption de l’eau pendant la germination, tandis que le cinquième se situe au niveau ou près d’un QL correspondant au moment de la floraison et à la maturité.

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