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Molecular Methods to Measure Intestinal Bacteria: A Review.

Inglis, G.D., Thomas, M.C., Thomas, D.K., Kalmokoff, M.L., Brooks, S.P.J., et Selinger, L.B. (2012). « Molecular Methods to Measure Intestinal Bacteria: A Review. », Journal of AOAC International, 95(1), p. 2-23. doi : 10.5740/jaoacint.SGE_Inglis  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

L’intestin est un écosystème exceptionnellement riche où il y a une interaction complexe entre les microorganismes, influencée par des facteurs liés à l’hôte ainsi que par les aliments et les liquides ingérés. La caractérisation du microbiote intestinal est aujourd’hui un domaine où la recherche est active. Il existe diverses méthodes moléculaires pour caractériser ce microbiote, mais toutes possèdent des forces relatives de même que des faiblesses évidentes. Il est important que les chercheurs connaissent les limites de ces méthodes et qu’ils prennent les mesures appropriées pour atténuer ces faiblesses. Dans le présent article, nous examinons les méthodes utilisées pour la surveillance des bactéries intestinales y compris : i) les banques de clones classiques; ii) le séquençage direct au moyen de la prochaine technologie de séquençage parallèle; iii) l’électrophorèse en gel de gradient dénaturant et l’électrophorèse en gel à gradient de température; iv) l’analyse du polymorphisme de longueur des fragments de restriction terminaux; v) l’hybridation in situ en fluorescence; et vi) la PCR quantitative. Nous examinons en outre les plans expérimentaux, le prélèvement et l’entreposage des échantillons, l’extraction de l’ADN, les cibles génétiques, les biais de la PCR et les méthodes visant à réduire ces biais.

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