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Relative diversity and community structure analysis of rumen protozoa according to T-RFLP and microscopic methods

Kalischuk-Tymensen, L.D., Barkley, C., et McAllister, T.A. (2012). « Relative diversity and community structure analysis of rumen protozoa according to T-RFLP and microscopic methods. », Journal of Microbiological Methods, 88(1), p. 1-6. doi : 10.1016/j.mimet.2011.09.005  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Les protozaires, éléments de la faune ruminale habituelle, jouent dans le rumen un rôle dans la nutrition de leur hôte et dans la méthanogenèse. Or, nous ne savons que peu de choses sur les effets que le changement de la composition des communautés de protozoaires peut avoir sur ces processus, en partie parce nous ne connaissons pas de méthode efficace pour analyser ces communautés. Dans les travaux présentés ici, nous avons mis au point une analyse du polymorphisme de longueur des fragments de restriction terminaux (T-RFLP) ciblant le gène de l’ARNr 18S pour faire l’étude comparative des communautés de protozoaires du rumen. La comparaison de la diversité et de la structure des communautés de protozoaires de bovins nourris au foin et de bovins nourris à l’ensilage et au grain par T-RFLP a produit des résultats globalement semblables à ceux de l’analyse au microscope. D’après les résultats obtenus avec ces deux méthodes, les Entodinium étaient plus abondants chez les bovins nourris à l’ensilage et au grain, et la diversité des protozoaires (déterminée au moyen de l’indice de Shannon) était plus élevée pour les bovins nourris au foin en raison de la plus grande uniformité des proportions des diverses espèces. Les protozoaires de type B étaient plus nombreux chez les bovins nourris au foin, tandis que les protozoaires de type A étaient plus nombreux chez les bovins nourris à l’ensilage et au grain. L’analyse de similarité (ANOSIM) a révélé que les communautés de protozoaires des bovins nourris au foin et des bovins nourris à l’ensilage et au grain différaient, et l’analyse multivariée a indiqué que les types de communautés de protozoaires avaient tendance à être les mêmes chez les compagnons d’enclos (c.-à-d. les bovins recevant la même ration et logés ensemble). En somme, nous présentons une méthode d’analyse par T-RFLP qui vient compléter les examens au microscope classiques pour l’étude des communautés de protozoaires du rumen mais qui a l’avantage de permettre un traitement à haut débit d’échantillons.

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