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Whole-genome QTL scan for ultrasound and carcass merit traits in beef cattle using Bayesian shrinkage method

Nalaila, S.M., Stothard, P., Moore, S.S., Li, C., et Wang, Z. (2011). « Whole-genome QTL scan for ultrasound and carcass merit traits in beef cattle using Bayesian shrinkage method. », Journal of Animal Breeding and Genetics, 129(2), p. 107-119. doi : 10.1111/j.1439-0388.2011.00954.x  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Nous avons établi la cartographie fine des locus de caractères quantitatifs (QTL) de 16 caractéristiques mesurées aux ultrasons et caractéristiques de la carcasse déterminés pour 418 bouvillons hybrides au moyen de 1 207 polymorphismes de nucléotide simple (SNP) pour l’ensemble du génome. Les marqueurs ont été évalués suivant une méthode d’estimation par shrinkage bayésien, et, pour la maîtrise de l’erreur de type I dans l’ensemble du génome, les seuils empiriques significatifs d’importance (a = 0,05 et a = 0,01) ont été déterminés par permutation avec 3 500 jeux de données permutées pour chaque caractère. Les analyses ont permis d’identifier en tout 105 QTL (p < 0,05) pour 7 caractéristiques mesurées aux ultrasons, dont l’épaisseur du gras dorsal, le persillage et la surface du faux-filet, et 113 QTL pour 7 caractéristiques de la carcasse, soit le poids de la carcasse, la qualité du gras, l’épaisseur moyenne du gras dorsal, la surface du faux-filet, le rendement en viande maigre, le persillage et le rendement de la carcasse. La proportion de variance phénotypique expliquée par un même QTL allait de 0,06 %, pour l’épaisseur moyenne du gras dorsal mesurée aux ultrasons, à 4,83 % pour le persillage, tandis que la proportion de la variance phénotypique expliquée par tous les QTL significatifs (p < 0,05) identifiés pour une même caractéristique allait de 4,54 %, pour le poids de la carcasse, à 23,87 % pour le persillage. Mots clés : shrinkage bayésien, bovins de boucherie, locus de caractère quantitatif, polymorphisme de nucléotide simple, SNP, caractéristiques mesurées aux ultrasons et caractéristiques de la carcasse.

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