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Development and assessment of DArT markers in triticale

Badea, A., Eudes, F., Salmon, D.F., Tuvesson, S., Vrolijk, A., Larsson, C.-T., Caig, V., Huttner, E., Kilian, A., et Laroche, A. (2011). « Development and assessment of DArT markers in triticale. », Theoretical and Applied Genetics (TAG), 122(8), p. 1547-1560. doi : 10.1007/s00122-011-1554-3  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Le triticale (×Triticosecale Wittm.) est issu d’un croisement entre le blé (Triticum sp.) et le seigle (Secale sp.). Jusqu’à présent, un nombre limité de marqueurs SSR (simple sequence repeat) ont servi aux analyses moléculaires du triticale, et il faudrait trouver des marqueurs moléculaires à haut rendement spécialisés pour pouvoir mieux exploiter cette plante. La présente étude visait à mettre au point et évaluer des marqueurs DArT (diversity arrays technology) pour le triticale. Les marqueurs DArT permettent un degré élevé de multiplexage. Nous avons mis au point de nouveaux marqueurs à partir de spécimens de triticale et exploité la vaste gamme de marqueurs déjà disponibles issus du blé et du seigle, puis nous avons analysé 144 spécimens de triticale en employant ces trois matrices de génotypage. Nous avons ainsi obtenu des taux de polymorphisme allant de 8,6 %, avec les marqueurs DArT du blé, à 23,8 %, avec ceux du seigle. Parmi les marqueurs polymorphes, ceux du seigle étaient les plus abondants (3 109), suivis de ceux du blé (2 214) et du triticale (719). L’indice PIC (polymorphism information content) moyen était de 0,34 pour les marqueurs DArT du seigle et de 0,37 pour ceux du blé et du triticale. Nous avons observé une forte corrélation entre les matrices de similitude respectivement obtenues avec les marqueurs du seigle, ceux du triticale, ceux du blé et l’ensemble des marqueurs ainsi qu’entre les matrices cophénétiques correspondantes. Une analyse typologique a révélé que les relations génétiques existant entre les divers spécimens étaient conformes à l’information disponible sur leurs propriétés agronomiques et leur généalogie. Les nouveaux marqueurs DArT que nous avons mis au point ainsi que les marqueurs déjà existants issus du blé et du seigle constituent des marqueurs de haute qualité pour les analyses de diversité et faciliteront éventuellement toute une gamme de travaux d’amélioration moléculaire ou de génomique portant sur le triticale.

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