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Cartographie fine des QTL du génome à l’origine des paramètres de l’examen aux ultrasons et de la qualité de la carcasse chez les bovins de boucherie.

Nalaila, S.M., Stothard, P., Moore, S.S., Wang, Z., et Li, C. (2011). « Cartographie fine des QTL du génome à l’origine des paramètres de l’examen aux ultrasons et de la qualité de la carcasse chez les bovins de boucherie. », Canadian Journal of Animal Science, 91(1), p. 61-73. doi : 10.4141/CJAS10007  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Les locus quantitatifs (QTL) associés aux grandes régions chromosomiques n’ont guère d’utilité en tant que marqueur génétique dans les programmes de sélection assistée par marqueurs (SAM) et s’avèrent moins instructifs pour l’identification des nucléotides quantitatifs (QTN) sous-jacents dont ils dérivent. La présente étude devait préciser l’emplacement des QTL qui codent les paramètres de l’examen aux ultrasons et de la qualité de la carcasse signalés antérieurement pour les bovins de boucherie sur l’ensemble du génome, grâce à une plus grande densité de marqueurs à polymorphisme mononucléotidique (SNP), et ainsi identifier les marqueurs SNP dans la partie du QTL associée aux caractères en question. En tout, 418 bouvillons issus de 28 géniteurs ont été utilisés dans le cadre de cette étude sur 9 caractères de l’examen aux ultrasons et 7 de la qualité de la carcasse. L’étude s’inscrivait dans un essai d’élevage en parc d’engraissement réalisé de 2003 à 2005 au ranch Kinsella de l’Université de l’Alberta. Le génotypage des géniteurs et de leur progéniture a révélé 4 592 marqueurs SNP répartis sur les 29 autosomes bovins (ATB). Les analyses entre familles ont dévoilé 12 QTL pour 5 paramètres de l’examen aux ultrasons, sur 9 chromosomes, et 18 QTL pour 6 paramètres de la qualité de la carcasse, sur 10 chromosomes (PB0, 05). Les analyses à l’intérieur de chaque famille ont pour leur part révélé 78 QTL significatifs pour les 9 paramètres de l’examen aux ultrasons et 7 paramètres de la qualité de la carcasse (PB0,01). L’utilisation d’un jeu de marqueurs SNP plus dense a permis d’affiner l’emplacement des QTL dans de plus petites régions chromosomiques allant de 0,6 à 11 cM, comparativement aux régions de 4 à 24 cM, beaucoup plus vastes, signalées dans d’autres études. Par ailleurs, les analyses d’association avec les marqueurs SNP uniques ont permis d’identifier 22 SNP présentant des liens significatifs avec 3paramètres de l’examen aux ultrasons et 4 paramètres de la qualité de la carcasse dans 12 régions à QTL (P<0,05). Les marqueurs significativement associés aux QTL qui ont é té plus finement cartographiés fournissent des outils génomiques qui pourront être employés pour la SAM et serviront de point de référence lors de l’identification des QTN à l’origine des paramètres de l’examen aux ultrasons et de la qualité de la carcasse chez les bovins de boucherie.

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