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An archived activation tagged population of Arabidopsis thaliana to facilitate forward genetics approaches

Robinson, S.J., Tang, L.H., Mooney, B.G., McKay, S.J., Clarke, W.E., Links, M.G., Karcz, S.R., Regan, S., Wu, Y.-Y., Gruber, M.Y., Cui, D., Yu, M., et Parkin, I.A.P. (2009). « An archived activation tagged population of Arabidopsis thaliana to facilitate forward genetics approaches. », BMC Plant Biology, 9(101). doi : 10.1186/1471-2229-9-101  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Contexte : Les outils de génomique fonctionnelle permettent aux chercheurs d’utiliser des techniques à haut débit pour déterminer la fonction et les interactions d’une large gamme de gènes. Les populations végétales mutagénisées sont l’une des ressources qui facilitent la caractérisation des gènes. Elles permettent la corrélation de réponses physiologiques complexes à l’expression de certains gènes in planta, soit par génétique inverse où les gènes cibles sont mutagénisés pour déterminer leur rôle, soit par génétique classique où des populations de lignées mutantes sont criblées pour déceler celles dont les phénotypes divergent du type sauvage pour un caractère en particulier. L’une des limites de ces types de populations est la prévalence de la redondance génique dans les génomes végétaux qui peut masquer le rôle des gènes individuels. Les populations où des gènes sont activés ou stimulés, permettent non seulement des mutations par inactivation, mais également des mutations d’activation dominantes qui peuvent faciliter l’études de ces gènes. Résultats : Nous avons créé une population de près de 50 000 lignées d’activation d’A. thaliana que nous avons archivées en lignées individuelles jusqu’à la génération T3. La population est un excellent outil pour le criblage en génétique classique ou inverse et nous a permis d’identifier de nouveaux mutants. Nous avons généré et cartographié les séquences des sites d’insertion de 15 507 lignées pour mieux exploiter la population, tout en obtenant une distribution nette des insertions d’ADN-T dans le génome. Nous criblons la population à la recherche de phénotypes biochimiques et relatifs au développement et nous présentons des données provisoires sur de nouveaux allèles et gènes contrôlant des étapes de la biosynthèse de la proanthocyanidine et le développement du trichome. Conclusion : Cette population appartenant au domaine public constitue un autre outil dont peuvent se servir les chercheurs en génétique végétale pour les aider à déterminer la fonction de nombreux gènes non encore caractérisés qui figurent dans la séquence génomique d’Arabidopsis (site Web http://aafc-aac.usask.ca/FST). La présence de séquences activatrices sur les molécules d’ADN-T insérées permet d’identifier tant les phénotypes d’inactivation que les phénotypes d’activation dominants pour les caractères d’intérêt.

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