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A set of new simple sequence repeat and avenin DNA markers suitable for mapping and fingerprinting studies in oat (avena spp.)

Wight, C.P., Yan, W., Mitchell Fetch, J.W., Deyl, J.K., et Tinker, N.A. (2010). « A Set of New Simple Sequence Repeat and Avenin DNA Markers Suitable for Mapping and Fingerprinting Studies in Oat (Avena spp.). », Crop Science, 50(4), p. 1207-1218. doi : 10.2135/cropsci2009.09.0474  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Notre étude visait à mettre au point et à tester de nouveaux marqueurs pour la caractérisation moléculaire de l’avoine (Avena spp.). Nous présentons les résultats obtenus pour deux produits de PCR ciblant les loci multiples de l’avénine et 16 nouveaux microsatellites ou marqueurs SSR. Les marqueurs ont été cartographiés chez deux populations d’avoine en ségrégation, ‘Kanota’ × ‘Ogle’ (K×O) et ‘Terra’ × ‘Marion’ (T×M). Ils ont également été vérifiés par rapport à un panel diversifié constitué de 35 variétés d’avoine cultivées et de représentants de cinq autres espèces d’Avena. Tous les marqueurs se sont avérés robustes, multialléliques et hautement polymorphes. Nous avons déterminé l’emplacement dans le génome des marqueurs SSR, dont certains se trouvent à de multiples endroits (loci multiples); les marqueurs de l’avénine ont été trouvés aux emplacements prévus chez les lignées issues des croisements K×O et T×M. De plus, comme on s’y attendait, les marqueurs de l’avénine sont liés au gène de résistance à la rouille des tiges Pg9 dans la population issue du croisement ‘OT328’ × ‘Dumont’ (OT×Du). Nous avons exploré les applications pratiques de ces marqueurs dans les tests d’identification des variétés et du matériel génétique. Les marqueurs permettent de distinguer des lignées étroitement apparentées dans le cadre de la caractérisation génétique et ils se révèlent utiles pour déterminer si la variation observée dans une lignée résulte d’une hétérozygotie résiduelle ou d’une contamination. Ces marqueurs, qui peuvent être utilisés pour évaluer l’efficacité des croisements et rétrocroisements, se s’avèrent aussi utiles dans le domaine de la criminalistique.

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