Sélection de la langue

Recherche

New DArT markers for oat provide enhanced map coverage and global germplasm characterization

Tinker, N.A., Kilian, A., Wight, C.P., Heller-Uszynska, K., Wenzl, P., Rines, H.W., Bjørnstad, A., Jannink, J.-L., Anderson, J.M., Rossnagel, B.G., Stuthman, D.D., Sorrells, M.E., Jackson, E.W., Tuvesson, S., Kolb, F.L., Olsson, O., Federizzi, L.C., Carson, M.L., Ohm, H.H., Molnar, S.J., Scoles, G.J., Eckstein, P.E., Bonman, J.M., Ceplitis, A., et Langdon, T. (2009). « New DArT markers for oat provide enhanced map coverage and global germplasm characterization. », BMC Genetics, 10:39. doi : 10.1186/1471-2164-10-39  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Contexte : Chez l’avoine, l’absence de marqueurs génétiques convenant à toute la gamme de cartes génétiques ainsi que la difficulté d’analyser l’ensemble du génome au moyen de marqueurs à haut rendement ont fait obstacle aux recherches génomiques et à leur mise en application pour l’amélioration de cette céréale. Au moyen de biopuces DArt (Diversity Array Technology), nous avons donc cherché à cerner, caractériser et exploiter pour l’avoine un grand ensemble de marqueurs. Résultats : Nous avons isolé environ 19 000 clones génomiques à partir de représentations à complexité réduite d’échantillons groupés d’ADN où étaient représentées 60 variétés d’avoine du monde entier. Nous avons criblé ces clones au moyen de biopuces de dépistage, ce qui nous a permis de retenir plus de 2000 marqueurs polymorphes pour la présente étude et environ 2700 qui pourraient servir à des études ultérieures. Nous avons établi les séquences ADN de 2573 clones et en avons tiré un ensemble non redondant de 1770 contigs et singletons. Parmi ces séquences, 705 présentaient une similarité BLAST très significative (paramètre Expectation < 10E-10) par rapport aux séquences des bases de données publiques. En nous fondant sur les résultats obtenus au moyen de ces marqueurs chez 80 lignées pures recombinantes, nous avons utilisé 1010 nouveaux marqueurs DArT pour saturer et améliorer la carte génétique du croisement 'Kanota' × 'Ogle'. Les marqueurs DArT ont fourni une couverture cartographique à peu près équivalente à celle obtenue avec les marqueurs existants. Après avoir regroupé les marqueurs provenant de clones semblables ou présentant une similarité de 99 %, nous avons utilisé un ensemble de 1295 marqueurs non redondants pour analyser la diversité génétique de 182 spécimens d’avoine cultivée provenant du monde entier. Cette analyse nous a permis de confirmer que les grands groupes décrivant la diversité de l’avoine sont associés au type saisonnier (avoine de printemps ou d’hiver) ainsi qu’à la présence ou absence de programmes d’amélioration importants dans la région d’origine. Les groupes secondaires étaient souvent associés à des éléments connus de la généalogie. Conclusion : Les marqueurs DArT constituent une assise solide pour les travaux futurs de découverte génomique, de cartographie comparative et d’établissement d’une carte génétique consensuelle pour l’avoine. De plus, ils fourniront de nouvelles occasions de sélection dirigée pour la création de variétés d’avoine supérieures et faciliteront le maintien de la diversité génétique de cette céréale.

Signaler un problème sur cette page
Veuillez cocher toutes les réponses pertinentes :
Date de modification :