Seifert, Keith, Ph.D

Chercheur scientifique


Coordonnées :

960, av. Carling
Ottawa, (Ontario) K1A 0C6
Téléphone : 613-759-1378
Télécopieur : 613-759-1701
Courriel : keith.seifert@agr.gc.ca

Domaines d'expertise :

  • taxonomie, phylogénie et identification des moisissures
  • champignons mycotoxigènes
  • fusarium
  • penicillium
  • séquençage d'ADN, détection moléculaire et quantification des champignons dans les agroécosystèmes
  • application de la taxonomie fongique à la génomique, à l'amélioration génétique des cultures et à la phytopathologie
  • identification des moisissures de l'agriculture, des aliments, des sols et de l'environnement humain

Projets en cours :

  • Champignons : production de nouvelles données sur la taxonomie, la phylogénie, la distribution et la biologie des champignons comprenant notamment la recherche systématique liée à la biosécurité et aux espèces exotiques envahissantes ainsi qu'aux espèces utilisées dans le développement de bioproduits
  • Établissement et maintien de collections et de bases de données de référence sur les plantes et les champignons : Herbier de plantes vasculaires d'AAC et herbier national de mycologie. Soutien à la Collection des cultures fongiques canadiennes
  • Élaboration des capacités, des outils de détection et d'identification rapides de la phylogénomique
  • Identification, information et formation précises associées à la recherche scientifique et à la protection de la biodiversité

Affiliations :

  • Professeur auxiliaire, Département de biologie, Université d'Ottawa
  • Président, Commission internationale sur la taxonomie des champignons
  • Membre, Comité de rédaction, Revue canadienne de phytopathologie
  • Membre, Comité de rédaction, CBS Biodiversity Series
  • Membre, Comité de rédaction, Mycoscience
  • Membre, Comité de rédaction, Studies in Mycology
  • Membre, Comité de rédaction, Sydowia
  • Membre, Commission intenationale sur le Penicillium et l'Aspergillus
  • Membre, Commission internationale sur la systématique du fusarium

Publications de recherche :

Les liens ci-dessous mènent aux résumés avec accès au texte intégral.

2017

  • Chen W, Hambleton S, Seifert KA, Lévesque CA, Carisse O, Moussa SD, Peters RD, Lowe C, Chapados JT. 2017. Assessing performance of spore samplers in monitoring and forecasting aeromycobiota diversity and fungal plant pathogen distribution patterns. Applied and Environmental Microbiology Submitted, under peer review.

2016

2015

2014

2013

2012

2011

2010

2009

Autres publications relatives à la science :

2015

  • Chen, W., Redhead, S.A., Seifert, K.A., Xiong, K., Hambleton, S., et Lévesque, C.A. (2015). « Fungal pathogen surveillance using metagenomics approach requires one fungus one name. », XVIII International Plant Protection Congress (IPPC), Free University Berlin, Henry Ford Building, Berlin, Germany, August 24-27, 2015.
  • Lévesque, C.A., Chen, W., Hambleton, S., Seifert, K.A., Adam, Z., Bilodeau, G.J., Cullis, J., Demeke, T., Dumonceaux, T.J., Gagnon, M., Graefenhan, T., Kawchuk, L.M., Khan, I.U.H., Lewis, C.T., Li, X., Links, M.G., Mimee, B., Rott, M., Tambong, J.T., Topp, E., Yu, Q., et Yuan, K. (2015). Project CRTI 09-462RD - Next generation sequencing, direct detection and genotyping of fungi, bacteria and nematodes in the agri-food system. DRDC-RDDC-2015-C148. Final Close-Out Report. (Rapport)
  • Lévesque, C.A., Chen, W., Hambleton, S., Seifert, K.A., Adam, Z., Bilodeau, G.J., Cullis, J., Demeke, T., Dumonceaux, T.J., Gagnon, M., Graefenhan, T., Kawchuk, L.M., Khan, I.U.H., Lewis, C.T., Li, X., Links, M.G., Mimee, B., Rott, M., Tambong, J.T., Yu, Q., et Yuan, K. (2015). Project CRTI 09-462RD - Next generation sequencing, direct detection and genotyping of fungi, bacteria and nematodes in the agri-food system. Final Report. 54. http://cradpdf.drdc-rddc.gc.ca/PDFS/unc195/p802330_A1b.pdf. (Rapport)
  • Lévesque, C.A., Chen, W., Hambleton, S., Seifert, K.A., et Graefenhan, T. (2015). « Environmental Sequencing – A New Frontier for Species Identification. », The First National Science Day of the Science and Technology Branch of AAFC, Horticulture Research and Development Centre (HRDC), St-Jean-sur-Richelieu, QC, Canada, July 9, 2015. (Présentation)
  • Lowe, C., Zahariev, M., Liu, M., Hambleton, S., Seifert, K.A., Lévesque, C.A., et Chen, W. (2015). « Computational pipeline to improve detection accuracy of plant pathogens from NGS datasets using signature oligonucleotides. », American Phytopathological Society Annual Meeting, Pasadena Convention Center, Pasadena, CA, USA, August 1-5, 2015. (Affiche)

2014

  • Sumarah, M.W., Qi, T., Miller, J.D., et Seifert, K.A. (2014). « Study of black Aspergilli from Canadian vineyards and the associated risk of ochratoxin A and fumonisin contamination of wine. », 8th Conference of the World Mycotoxin Forum, Vienna, Austria, November 2014. (Affiche)

2013

  • Lévesque, C.A., Lewis, C.T., Assabgui, R., McCormick, W.A., Ponovera, E., Hambleton, S., et Seifert, K.A. (2013 internal). « Development of additional DNA barcodes for Fungi based on conserved Pfam families and domains. », 21st Annual Conference of Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) and European Conference on Computational Biology (ECCB), Berlin, Germany, July 19-23, 2013, Invited oral presentation.
  • Minnis, A.M., Seifert, K.A., Redhead, S.A., et Halling, R.E. (2013). « Nomenclatural Procedures FAQ (ICN Melbourne Code): Help and Checklist for authors. Mycological Society of America, http://www.mycologia.org/site/misc/FAQvers2.xhtml ».
  • Seifert, K.A. (2013). « Searching for the cure in Saranac Lake. », publié dedans the microbe.net site (blog posts) http://microbe.net/2013/10/07/searching-for-the-cure-in-saranac-lake/.
  • Seifert, K.A. (2013). « Walking in the footsteps of van Leeuwenhoek (part 1). », publié dedans the microbe.net site (guest posts). http://microbe.net/2013/05/01/guest-post-from-keith-seifert-walking-in-the-footsteps-of-van-leeuwenhoek-part-1/.
  • Seifert, K.A. (2013). « Walking in the footsteps of van Leeuwenhoek (part 2). », publié dedans the microbe.net site (guest posts) http://microbe.net/2013/06/18/guest-post-from-keith-seifert-walking-in-the-footsteps-of-van-leeuwenhoek-part-2/.
  • Spotts, R.A., Lévesque, A., Lévesque, C.A., et Seifert, K.A. (2013). « Neofabraea kienholzii (Seifert, Spotts & Lévesque) Spotts, Lévesque & Seifert. », Index Fungorum, 28(1).

2012

  • Barasubiye, T., Seifert, K.A., et Lévesque, C.A. (2012). « The National fungal identification service at ECORC_challenges and opportunities. », Canadian Phytopathological Society (CPS) 83rd Annual Meeting and International PPV Meeting, Marriott Gateway On The Falls, Niagara Falls, ON, Canada, June 24-27, 2012, Published in: Canadian Journal of Plant Pathology / Revue canadienne de phytopathologie, 35(1), pp. 102.
  • Chen, W., Lewis, C.T., Chapados, J.T., Hambleton, S., Seifert, K.A., Temple, K., Biernacka-Larocque, A., Robleh Djama, Z., et Lévesque, C.A. (2012). « Canada-wide spore-trapping network provides effective monitoring of microbial phytopathogens in air and rain samples. », Annual meeting of the American Phytopathological Society, Providence, RI, USA, August 4-8, 2012, In: Phytopathology 102: S4.22.
  • De Beer, Z.W., Seifert, K.A., et Wingfield, M.J. (2012). « The impacts of 1F:1N on the Ophiostomatales (Sordariomycetes, Ascomycota). », Inoculum, 63(3), p. 15.
  • Lévesque, C.A., Bilkhu, S., Chapados, J.T., Chen, W., Hambleton, S., Lewis, C.T., Oliver, K., et Seifert, K.A. (2012). « AeroNet: A Canadian spore trapping network monitoring fungi and bacteria with DNA barcodes and next generation sequencing. », The Role of Genomics & Bioinformatics in Protecting Canadians from Microbial Food Safety Risks Workshop, Southway Hotel and Conference Centre, Ottawa, ON, Canada, February 21-22, 2012, Invited oral presentation.
  • Nguyen, H.D.T., Nickerson, N.L., et Seifert, K.A. (2012). « Basidioascus: a new lineage of heat resistant and xerotolerant basidiomycete. », Inoculum, 63(3), p. 35.
  • Schoch, C.L. et Seifert, K.A. (2012). « Reply to Kiss: Internal transcribed spacer (ITS) remains the best candidate as a universal DNA barcode marker for Fungi despite imperfections. », Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA (PNAS), 109(27), p. E1812.
  • Seifert, K.A. et Miller, A.N. (2012). « Subcommissions, working groups, and protected lists. », Inoculum, 36(3), p. 44.
  • Seifert, K.A., Graefenhan, T., Chen, W., Lewis, C.T., Bilkhu, S., Chapados, J.T., Hambleton, S., et Lévesque, C.A. (2012). « Prospects for using quantitative PCR and metagenomics to detect mycotoxigenic fungi without culturing. », MycoRed International Conference, Carleton University, Ottawa, ON, Canada, June 2012.
  • Tesfaendrias, M.T., McDonald, M.R., Macdonald, M.M., Peters, R.D., Barasubiye, T., et Seifert, K.A. (2012). « Fusarium root rot and crown rot of carrots in Ontario and Prince Edward Island. », Canadian Phytopathological Society (CPS) 83rd Annual Meeting and International PPV Meeting, Marriott Gateway On The Falls, Niagara Falls, ON, Canada, June 24-27, 2012, Published in: Canadian Journal of Plant Pathology / Revue canadienne de phytopathologie, 35(1), pp. 127.

2011

  • Chen, W., Lewis, C.T., Chapados, J.T., Bilkhu, S., Hambleton, S., Seifert, K.A., et Lévesque, C.A. (2011). « Aerobiota diversity in Canada’s air: Mining the metagenomic data. », Great Lakes - St. Lawrence Spring Workshop in Mycology, Peterborough, ON, Canada, May 7-8, 2011. (Présentation)
  • Gräfenhan, T., Seifert, K.A., et Clear, R.M. (2011). « Genetic diversity of Fusarium on grains: Changing species concepts and their impact on molecular diagnostics. », 7th Canadian Workshop on Fusarium Head Blight (CWFHB) / Colloque canadien sur la fusariose, Delta Winnipeg Hotel, Winnipeg, MB, Canada, November 27-30, 2011, p. 58.
  • Lévesque, C.A., Bilkhu, S., Chapados, J.T., Chen, W., Hambleton, S., Lewis, C.T., Oliver, K., et Seifert, K.A. (2011). « AeroNet: A Canadian spore trapping network monitoring fungi and bacteria with DNA barcodes and next generation sequencing. », iBOL-Canada: The future of DNA Barcoding in Canada, Beaty Biodiversity Museum, UBC, Vancouver, BC, Canada, April 29-May 1, 2011. (Présentation)
  • Minnis, A.M., Redhead, S.A., Seifert, K.A., et Halling, R.E. (2011). « 2012 Nomenclatural Procedures FAQ: Help and Checklist for Authors. », publié dedans Mycologia (Web Page), Mycological Society of America, Washington, DC, USA.
  • Redhead, S.A., Norvell, L.L., Seifert, K.A., et Miller, A.N. (2011). « International meetings planned to discuss fungal nomenclature. », IMA Fungus, 2(2), p. 44-45.
  • Rossman, A.Y. et Seifert, K.A. (2011). « Phylogenetic revision of taxonomic concepts in the Hypocreales and other Ascomycota - A tribute to Gary J. Samuels (Preface). », Studies in Mycology, 68(1), p. 6-10.
  • Rossman, A.Y. et Seifert, K.A. (dirs.) (2011). Studies in Mycology 68 (1): Phylogenetic revision of taxonomic concepts in the Hypocreales and other Ascomycota - A tribute to Gary J. Samuels., CBS Publisher, Royal Netherlands Academy of Arts and Sciences (KNAW), The Netherlands.
  • Schoch, C.L., Seifert, K.A., Spouge, J.L., Robert, V.A., Bolchacova, E., et Crous, P.W. (2011). « An official barcode for fungi. », 4th International Barcode of Life Conference, Adelaide, South Australia, Australia, November 28-December 3, 2011.
  • Schoch, C.L., Seifert, K.A., et Crous, P.W. (2011). « Progress on DNA Barcoding of Fungi. », IMA Fungus, 2(1), p. 5-6.
  • Seifert, K.A. (2011). « Do we need a Canadian Mycological Association? », Great Lakes - St. Lawrence Spring Workshop in Mycology, Peterborough, ON, Canada, May 7-8, 2011.
  • Seifert, K.A. (2011). « In Memoriam: John William (“Bill”) Carmichael (1927–2011). », IMA Fungus, 2(1), p. 12.
  • Seifert, K.A. (2011). « Real moulds and virtual moulds: On the farm, in the forest, and in the home. », Carleton University, Department of Biology, Ottawa, ON, Canada, October 2011. (Présentation)
  • Seifert, K.A. (2011). « The IMA Gavel. », IMA Fungus, 2(1), p. 29.
  • Seifert, K.A. (2011). « The mould in your closet. », Toronto Mycological Association, Toronto, ON, Canada, March 2011. (Présentation)
  • Seifert, K.A. et Miller, A.N. (2011). « International Commission on the Taxonomy of Fungi: Roadmap to 2014. », IMA Fungus, 2(1), p. 26.
  • Seifert, K.A., Gräfenhan, T., Hodge, K.T., Summerell, B.A., Degawa, Y., et McFadden-Smith, W. (2011). « The International Tree Slime Project. », 4th International Barcode of Life Conference, Adelaide, South Australia, Australia, November 28-December 3, 2011. (Affiche)
  • Seifert, K.A., Gräfenhan, T., Schroers, H.-J., et Nirenberg, H.I. (2011). « Fusarium divided: New generic concepts and experiments with single name nomenclature. », Fungal Biodiversity Centre (CBS) and International Commission on the Taxonomy of Fungi (ICTF) Symposium: One Fungus = One Name, Amsterdam, The Netherlands, April 19-20, 2011.
  • Seifert, K.A., Mwange, K.N., Whiteside, D.P., Visagie, C.M., Samson, R.A., Meijer, M., Amend, A.S., et Bruns, T.D. (2011). « IMBOL: The Indoor Mycota Barcode of Life. », 4th International Barcode of Life Conference, Adelaide, South Australia, Australia, November 28-December 3, 2011.

2009

  • Al-Mughrabi, K.I., Peters, R.D., Howard, R.J., Grant, L., Barasubiye, T., Seifert, K.A., Shoemaker, R.A., Lynch, K., Poirier, R., Vikram, A., Drake, K.A., MacDonald, I.K., et Lisowski, S.L.I. (2009). « Management of silver scurf and fusarium dry rot of potatoes in storage using BIO-Save 10LP and Bio-Save 11LP (Pseudomonas syringae). », Canadian Journal of Plant Pathology, 31(1), p. 117-118. (Résumé)
  • Lévesque, C.A., Seifert, K.A., Babcock, C., Bissett, J.D., Hambleton, S., Lewis, C.T., Redhead, S.A., Brière, S.C., Côté, M.J., et Hamelin, R.C. (2009). « CRTI-04-0045RD - Development of collections, reference/DNA databases and detection systems to counter bioterrorism against agriculture and forestry. », 7th Annual CRTI Summer Symposium 2009, Ottawa, ON, Canada, June 16-18, 2009, p. 10-11.
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