Microsatellite markers used for genome-wide association mapping of partial resistance to Sclerotinia sclerotiorum in a world collection of Brassica napus.

Gyawali, S., Harrington, M., Durkin, J.M.H., Horner, K., Parkin, I.A.P., Hegedus, D.D., Bekkaoui, D.R., et Buchwaldt, L. (2016). « Microsatellite markers used for genome-wide association mapping of partial resistance to Sclerotinia sclerotiorum in a world collection of Brassica napus. », Molecular Breeding, 36(6: Article number 72), p. 1-13. doi : 10.1007/s11032-016-0496-5  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Le champignon pathogène Sclerotinia sclerotiorum cause la pourriture sclérotique de la tige chez le colza oléagineux (Brassica napus) partout au monde. En vue de la cartographie d’association à l’échelle du génome de la résistance à cette maladie, nous avons évalué la résistance de 152 accessions du B. napus de diverses régions du monde en les exposant à un isolat canadien de S. sclerotiorum, l’isolat numéro 321. Nous avons inoculé les plantes en pleine floraison en leur fixant des disques de mycélium à la tige principale. Nous avons mesuré la longueur des lésions 7, 14 et 21 jours après l’inoculation afin de calculer l’aire sous la courbe de progression de la maladie (ASCPM). Nous avons également noté la profondeur de pénétration afin de calculer le pourcentage de lésions molles et enfoncées (% m + e). Ces deux mesures de la maladie étaient hautement corrélées entre elles (r = 0,93). Nous avons trouvé des accessions partiellement résistantes (ASCPM < 7 et % m + e < 2), la plupart provenant de la Corée du Sud et du Japon et quelques unes du Pakistan, de la Chine et de l’Europe. Le génotypage des accessions au moyen de 84 marqueurs SSR (simple sequence repeat) nous a donné 690 locus polymorphes pour la cartographie d’association à l’échelle du génome. Le modèle linéaire général de TASSEL a présenté le meilleur ajustement aux données lorsque celles ci étaient corrigées pour tenir compte de la structure de population (STRUCTURE), GLM + Q. Après correction pour le taux de faux positifs, 34 locus étaient significativement associés aux deux mesures de la maladie, parmi lesquels 21 allèles contribuaient à la résistance, tandis que les autres augmentaient la susceptibilité à la maladie. Le pourcentage de variation phénotypique expliqué par les locus allait de 6 à 25 %. Cinq locus correspondaient à des locus de caractère quantitatif dont une étude publiée a montré qu’ils confèrent une résistance à la pourriture sclérotique de la tige à des lignées chinoises de colza.

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