Molecular characterization of Potato mop-top virus isolates from China and Canada and development of RT-PCR differentiation of two sequence variant groups.

Hu, X., Dickison, V.L., Lei, Y., He, C.Z., Singh, M., Yang, Y., Xiong, X., et Nie, X. (2016). « Molecular characterization of Potato mop-top virus isolates from China and Canada and development of RT-PCR differentiation of two sequence variant groups. », Canadian Journal of Plant Pathology, 38, p. 231-242. doi : 10.1080/07060661.2016.1189968  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Trois ARN génomiques de trois isolats canadiens et de deux isolats chinois, issus du génome complet du virus du sommet touffu de la pomme de terre (VSTPT), ont été séquencés et analysés. Deux cadres de lecture ouverts (ORF) ont été trouvés dans l’ARN-1 de 6,1 kb, codant par translecture un ARN-polymérase sous la dépendance d’ARN (RdRp). L’ARN-2 de 3,1 kb codait pour une protéine capsidiaire (CP) et pour une protéine de translecture. Quatre ORF qui codaient les protéines du bloc de trois gènes (TGBp) ainsi qu’une protéine riche en cystéine ont été trouvés dans l’ARN-3 de l’isolat chinois « Yunnan », tandis que, chez les autres isolats (les trois isolats canadiens et l’isolat chinois « Guangdong »), nous n’avons observé que trois ORF codant les TGBp dans l’ARN-3. La mutation d’un seul nucléotide, de A2462 à G2462, a annulé le codon initiateur « AUG » du quatrième ORF putatif dans l’ARN-3 de ces isolats. En se basant sur les résultats des analyses phylogénétiques et de similarité de séquences, ainsi que sur ceux rapportés par d’autres quant à la séquence complète de l’ARN, chaque ARN-1, ARN-2 et ARN-3 pourrait être divisé en au moins deux groupes. Chez les isolats canadiens « Ch9 », « Ch10 » et « Ch20 » ainsi que chez l’isolat chinois « Guangdong », tous les ARN génomiques appartenaient au groupe A. Par ailleurs, chez l’isolat chinois « Yunnan », tous les ARN appartenaient au groupe B. Chose intéressante, chez l’isolat suédois « Sw », l’ARN-1 et l’ARN-2 appartenaient au groupe A, tandis que l’ARN-3 appartenait au groupe B. Une technique de RT-PCR duplex a été mise au point et évaluée pour différencier les groupes A et B de l’ARN-3. Dans tous les échantillons de VSTPT collectés au Guangdong, en Chine, et au Nouveau-Brunswick, au Canada, l’ARN-3 appartenait au groupe A, tandis que l’ARN-3 des échantillons collectés au Yunnan, en Chine, appartenait au groupe B.

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