The nitrogen responsive transcriptome in potato (Solanum tuberosum L.) reveals significant gene regulatory motifs.

Galvez, J.H., Tai, H.H., Lague, M., Zebarth, B.J., et Strömvik, M.V. (2016). « The nitrogen responsive transcriptome in potato (Solanum tuberosum L.) reveals significant gene regulatory motifs. », Scientific Reports, 6(Article number 26090), p. 1-15. doi : 10.1038/srep26090  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

L’azote (N) est l’élément nutritif le plus important pour la croissance de la pomme de terre (Solanum tuberosum L.). Nous avons comparé l’expression génique, en mi-saison, dans les feuilles de pommes de terre supplémentées ou non avec 180 kg N ha−1. Nous avons ensuite examiné les gènes dont l’expression foliaire différait constamment selon la supplémentation en N, chez trois cultivars et à deux moments du développement. En tout, nous avons trouvé trente gènes surexprimés et neuf, sous-exprimés avec une supplémentation en N. Nous avons constaté des relations fonctionnelles entre les gènes surexprimés. La principale voie métabolique représentée chez les gènes exprimés de manière différentielle était celle des acides aminés. Nous avons utilisé trois algorithmes de détection de motifs (Seeder, Weeder and MEME) pour analyser les 1000 p b de la région en amont flanquant les gènes exprimés de manière différentielle et nous avons trouvé neuf motifs surreprésentés. Ces résultats semblent indiquer une régulation coordonnée des gènes au niveau de la transcription, modulant des réponses stables des pommes de terre aux réserves de N.

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