Economics of genomic selection: the role of prediction accuracy and relative genotyping costs.

Rajsic, P., Weersink, A., Navabi, A., et Pauls, K.P. (2016). « Economics of genomic selection: the role of prediction accuracy and relative genotyping costs. », Euphytica, p. 1-18. doi : 10.1007/s10681-016-1716-0  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Les études qui intègrent les aspects économiques de la phytosélection dans l’évaluation des stratégies de sélection ont tendance à être centrées sur un exemple particulier. Il est par conséquent difficile de généraliser les conditions dans lesquelles une stratégie donnée est plus rentable qu’une autre. Nous fournissons ici un cadre général des coûts moyens pour quantifier les effets de l’exactitude de prédiction de la sélection génomique et des différents rapports de coûts entre le phénotypage et le génotypage sur le rendement économique de la sélection génomique par rapport à la sélection phénotypique classique. Nous analysons l’exactitude de prédiction comme une fonction stochastique de l’héritabilité des caractères, le nombre effectif de segments chromosomiques à l’origine d’un caractère d’une population particulière et la taille de la population d’apprentissage. En outre, nous mettons en place une méthode analytique pour déterminer la taille optimale, sur le plan économique, de la population d’apprentissage dans divers scénarios de coûts pour des caractères qui diffèrent en matière d’héritabilité. Les résultats fournissent des estimations quantitatives du rendement économique de la sélection génomique pour un vaste éventail de scénarios. Les avantages d’augmenter la taille de la population d’apprentissage à un niveau dépassant la taille typique de 400 lignées ont tendance à être plus importants pour les caractères dont l’héritabilité est inférieure à 0,1 et pour les populations dont le nombre effectif de segments chromosomiques est supérieur à 100. La sélection génomique pourrait offrir des avantages économiques prometteurs, mais uniquement pour les caractères dont l’héritabilité est inférieure à environ 0,25, à moins que le coût par lignée du phénotypage soit plus élevé que celui du génotypage, et que le nombre effectif de segments chromosomiques soit inférieur à environ 100. Le modèle peut être utilisé pour l’analyse économique préliminaire de la sélection génomique et élargi pour tenir compte des préférences subjectives des sélectionneurs de végétaux en matière de risque.

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