Multiplexed shotgun sequencing reveals congruent three-genome phylogenetic signals for four botanical sections of the flax genus Linum.

Fu, Y.B., Dong, Y., et Yang, M.-H. (2016). « Multiplexed shotgun sequencing reveals congruent three-genome phylogenetic signals for four botanical sections of the flax genus Linum. », Molecular Phylogenetics and Evolution, 101, p. 122-132. doi : 10.1016/j.ympev.2016.05.010  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Une approche de détection pangénomique de signaux phylogénétiques par séquençage de nouvelle génération (SNG) récemment mise au point se révèle prometteuse pour l’analyse phylogénétique d’organismes non modèles. Dans cette étude, nous avons exploré l’utilisation d’une méthode de séquençage aléatoire multiplexe pour évaluer les liens phylogénétiques entre 18 échantillons de Linum représentant 16 espèces dans quatre sections botaniques du genre Linum. L’ADN génomique des 18 échantillons de Linum a été fragmenté, étiqueté et séquencé avec un appareil Illumina MiSeq. Les lectures de séquences acquises des échantillons ont été réparties en lectures de séquences chloroplastiques, mitochondriales et nucléaires. Les appels de SNP dans des séries de données de séquences génomiques spécifiques ont révélé 6 143 SNP chloroplastiques, 2 673 SNP mitochondriaux et 19 562 SNP nucléaires. Les analyses phylogénétiques fondées sur des séries de données de SNP de trois génomes avec et sans observations manquantes ont montré des signaux phylogénétiques congruents pour quatre sections botaniques du genre Linum. Plus précisément, deux lignées majeures présentant une séparation des sections LinumDasylinum et LinastrumSyllinum ont été confirmées. La section Linum présentait trois branches principales représentant deux stades d’évolution majeurs menant au lin cultivé. Ce dernier et son ancêtre immédiat ont été formés dans leur propre branche, plus apparentés sur le plan génétique au L. decumbens et au L. grandiflorum avec leur nombre chromosomique de huit, et bien éloignés de six autres espèces au nombre chromosomique de neuf. Cinq espèces des sections Linastrum et Syllinum étaient plus distantes du lin sur le plan génétique, mais semblaient plus étroitement apparentées entre elles, malgré des nombres chromosomiques variables. Ces constatations sont non seulement les premières données de congruence dans les voies phylogénétiques à trois génomes chez le genre Linum, mais elles soulignent l’utilité du séquençage aléatoire multiplexe dans l’acquisition de signaux phylogénétiques de trois génomes d’organismes non modèles.

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