Edaphic properties override the influence of crops on the composition of the soil bacterial community in a semiarid agroecosystem.

Bainard, L.D., Hamel, C., et Gan, Y.T. (2016). « Edaphic properties override the influence of crops on the composition of the soil bacterial community in a semiarid agroecosystem. », Applied Soil Ecology, 105, p. 160-168. doi : 10.1016/j.apsoil.2016.03.013  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Les systèmes de culture annuelle sont des milieux dynamiques où les communautés bactériennes du sol sont sensibles aux diverses pratiques de gestion, comme la rotation des cultures, et aux fluctuations saisonnières des propriétés édaphiques. Cependant, dans les régions semi-arides, l’impact des cultures sur les communautés bactériennes du sol semble être modulé ou modifié par les propriétés édaphiques telles que l’humidité du sol disponible. Par conséquent, dans le cadre de la présente étude, nous voulions déterminer l’influence relative des cultures (blé, lentilles, pois de grande culture, canola et une jachère), de la chimie du sol et des propriétés édaphiques sur la diversité et la composition des communautés bactériennes du sol dans un agroécosystème semi-aride. Pour ce faire, nous avons eu recours à une stratégie de prélèvement temporelle et à une méthode de séquençage à haut débit pour surveiller les changements dans les communautés bactériennes du sol en ce qui concerne l’identité et la phénologie de la culture hôte ainsi que les propriétés du sol. La structuration de la communauté bactérienne dans les 20 parcelles expérimentales a principalement été déterminée par le pH du sol, lequel variait grandement (min. : 5,25; max : 6,97) dans tout le site. Nous avons observé de faibles changements temporels dans la communauté bactérienne au cours de la saison de croissance et ces changements étaient reliés à la variation saisonnière de l’humidité du sol (min. : 8,3 %; max. : 20,3 %) et de la température du sol (moyenne quotidienne min. : 3,3 °C; moyenne quotidienne max. : 21,1 °C) de même qu’à la fluctuation du phosphate disponible dans le sol (min. : 0,003 μg cm‑2 jour‑1; max. : 0,290 μg cm‑2 jour‑1). L’identité de la culture hôte n’a pas influé sur ces changements temporels et spatiaux, puisque nous avons observé des communautés bactériennes similaires d’une culture et d’une jachère à l’autre. Le fractionnement de la variance a révélé que le pH du sol et l’humidité du sol comptaient pour une grande part de la variation de la communauté bactérienne, tandis que les cultures n’ont eu aucun effet significatif dans notre étude. Les facteurs édaphiques ont semblé surpasser ou aplanir l’effet des cultures sur la communauté bactérienne du sol. Ces résultats font ressortir l’importance de tenir compte des propriétés édaphiques pour la gestion des communautés bactériennes du sol dans les agroécosystèmes.

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