Evolution of the nasopharyngeal microbiota of beef cattle from weaning to 40 days after arrival at a feedlot.

Timsit, E., Workentine, M., Schryvers, A.B., Holman, D.B., Van Der Meer, F., et Alexander, T.W. (2016). « Evolution of the nasopharyngeal microbiota of beef cattle from weaning to 40 days after arrival at a feedlot. », Veterinary Microbiology, 187, p. 75-81. doi : 10.1016/j.vetmic.2016.03.020  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Le complexe respiratoire bovin (CRB) est une importante cause de morbidité et de mortalité chez les bovins de boucherie. Des données récentes semblent indiquer que le microbiote du nasopharynx joue un rôle déterminant dans la santé des bovins et leur susceptibilité à la maladie. On en connaît toutefois peu sur l’évolution du microbiote du nasopharynx pendant la période où les bovins sont le plus à risque de développer le CRB (c’est-à-dire à partir du sevrage jusqu’à 40 jours après leur arrivée dans un parc d’engraissement). La présenté étude visait à décrire l’évolution du microbiote du nasopharynx des bovins de boucherie depuis le sevrage jusqu’au 40e jour après leur arrivée dans un parc d’engraissement. Nous avons procédé à un écouvillonnage en profondeur des voies nasales de 30 bouvillons Angus croisés au moment du sevrage, à leur arrivée au parc d’engraissement et 40 jours après leur arrivée. Nous avons extrait l’ADN des échantillons et amplifié et séquencé (plateforme Illumina MiSeq) la région V3 hypervariable du gène de l’ARNr 16S. Le microbiote du nasopharynx a considérablement évolué entre le moment du sevrage et l’arrivée au parc d’engraissement, et de l’arrivée au parc d’engraissement jusqu’au 40e jour : l’abondance de 92 unités taxonomiques opérationnelles (UTO) a beaucoup changé au fil du temps. Le genre Mycoplasma (M. dispar et M. bovirhinis) était le plus abondant et comptait pour 53 % de la population bactérienne totale. Étant donné qu’une communauté bactérienne en pleine évolution pourrait être moins apte à résister à la colonisation par des bactéries pathogènes, l’instabilité du microbiote du nasopharynx documentée dans cette étude pourrait expliquer pourquoi les bovins sont plus susceptibles d’être affectés par le CRB au cours des premières semaines suivant le sevrage et leur arrivée au parc d’engraissement.

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