Genetic mapping of legume orthologs reveals high conservation of synteny between lentil species and the sequenced genomes of Medicago and chickpea.

Gujaria-Verma, N., Vail, S.L., Carrasquilla-Garcia, N., Penmetsa, R.V., Cook, D.R., Farmer, A., Vandenberg, A., et Bett, K.E. (2014). « Genetic mapping of legume orthologs reveals high conservation of synteny between lentil species and the sequenced genomes of Medicago and chickpea. », Frontiers in Plant Science, 5(Article 676). doi : 10.3389/fpls.2014.00676  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

La lentille (Lens culinaris Medik.) est cultivée et consommée à l’échelle mondiale et prend de plus en plus d’importance pour la sécurité alimentaire en Asie du Sud et d’autres régions. Le Lens ervoides, espèce sauvage apparentée à la lentille cultivée, constitue une source importante de variation des caractères agronomiques. La lentille fait partie du clade des Galégoïdes, dans la famille des Fabacées, qui comprend également d’autres légumineuses alimentaires importantes comme le pois chiche (Cicer arietinum) et le pois (Pisum sativum) ainsi que le Medicago truncatula, légumineuse modèle séquencée. L’acquisition de plus amples connaissances sur la structure génétique des espèces du genre Lens par rapport à celle des autres légumineuses permettrait de tirer avantage des ressources génomiques. Nous avons identifié un ensemble d’amplicons de 1107 TOG chez le L. ervoides, et nous en avons utilisé un sous-ensemble pour créer des marqueurs SNP à des fins de cartographie. Nous avons créé une carte du L. ervoides comprenant 377 marqueurs SNP répartis entre sept groupes de liaison, au moyen d’une puce de génotypage GoldenGate et d’un marquage par SNP. Nous avons comparé cette carte avec celles du M. truncatula et du L. culinaris et avons repéré des synténies considérables; nous avons également observé quelques translocations et une inversion importante qui distinguent les espèces du genre Lens du M. truncatula ainsi qu’une translocation qui distingue le L. culinaris du L. ervoides. L’identification des différences chromosomiques entre les espèces du genre Lens nous aidera à mieux comprendre l’introgression de gènes du L. ervoides chez le L. culinaris, espèce cultivée, et à approfondir les recherches génétiques et leurs applications pour les programmes d’amélioration de la lentille.

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