RT-PCR differentiation, molecular and pathological characterization of Andean and ordinary strains of Potato virus S in potatoes in China.

Wang, J., Meng, F., Chen, R., Liu, J., Nie, X., et Nie, B.-H. (2016). « RT-PCR differentiation, molecular and pathological characterization of Andean and ordinary strains of Potato virus S in potatoes in China. », Plant Disease. doi : 10.1094/PDIS-11-15-1257-RE  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Une étude sur les virus communs de la pomme de terre, réalisée dans un champ de la province du Hubei, en Chine, a révélé que le virus le plus abondant était le PVS (Potato virus S). Pour identifier les souches du virus, nous avons conçu des amorces spécifiques aux souches ordinaire et/ou andine du PVS (PVSO et PVSA). L’épreuve RT-PCR réalisée au moyen de ces amorces a permis de détecter le PVSO et le PVSA dans les échantillons. L’analyse de séquence des amplicons a confirmé l’exactitude de l’épreuve RT­PCR. Deux isolats, le PVS HB24 et le PVS HB7, représentant le PVSO et le PVSA, respectivement, ont été choisis aux fins de caractérisation moléculaire et biologique. Les deux isolats contenaient un génome mesurant 8 453 nucléotides de longueur et six cadres de lecture ouverts. Ils présentaient une homologie de séquence de 79,5 % à l’échelle du génome complet. L’analyse phylogénétique a permis de classer le PVS HB24 et le PVS HB7 dans les clades PVSO et PVSA, respectivement. Le PVS HB24 induisait des lésions chlorotiques locales sur les feuilles inoculées mais ne causait aucun symptôme visible sur les feuilles supérieures du Chenopodium quinoa apparues après l’inoculation mécanique, tandis que le PVS HB7 induisait à la fois des symptômes locaux et des symptômes systémiques chez le C. quinoa. Les épreuves ELISA et RT-PCR ont confirmé que le PVS HB7 provoquait une infection systémique chez le C. quinoa, alors que le PVS HB24 ne le faisait pas. Les deux isolats infectaient de manière asymptomatique le cultivar de pomme de terre Shepody et le Solanum chacoense, mais n’infectaient pas le Nicotiana occidentalis ni le N. tobaccum cv. Samsun.

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