GSP: a web-based platform for designing genome-specific primers in polyploids.

Wang, Y., Tiwari, V.K., Rawat, N., Gill, B.S., Huo, N., You, F.M., Coleman-Derr, D., et Gu, Y.Q. (2016). « GSP: a web-based platform for designing genome-specific primers in polyploids. », Bioinformatics, 32(6), p. 1-2. doi : 10.1093/bioinformatics/btw134  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Problème. La similarité des séquences des sous-génomes d’une espèce polyploïde complique la conception d’amorces spécifiques du génome pour l’analyse des séquences. Résultats. Nous présentons ici la plateforme Web GSP, qui permet de concevoir des amorces spécifiques du génome pouvant distinguer les séquences de sous-génomes d’un génome polyploïde. GSP utilise BLAST pour extraire les séquences homéologues des sous-génomes des bases de données existantes et pour concevoir des amorces fondées sur des variants de séquence de l’alignement. Comme résultat, GSP offre un schéma interactif des amorces, un visualiseur de l’alignement des séquences et une électrophorèse virtuelle. Cette plateforme peut également concevoir des amorces spécifiques à partir de multiples séquences téléchargées par des utilisateurs.

Date de modification :