Development of a comparative genomic fingerprinting assay for rapid and high resolution genotyping of Arcobacter butzleri.

Webb, A.L., Kruczkiewicz, P., Selinger, L.B., Taboada, E.N., et Inglis, G.D. (2015). « Development of a comparative genomic fingerprinting assay for rapid and high resolution genotyping of Arcobacter butzleri. », BMC Microbiology, 15(94), p. 1-12. doi : 10.1186/s12866-015-0426-4  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Contexte : Les méthodes de typage moléculaire sont essentielles aux enquêtes épidémiologiques : elles facilitent la détection des éclosions de maladie et la détermination de l’origine. À l’heure actuelle, l’étude épidémiologique de la bactérie pathogène humaine émergente Arcobacter butzleri est freinée par l’absence d’une méthode de sous-typage facile à utiliser dans un contexte de surveillance épidémiologique de routine. Dans la présente étude, nous décrivons une méthode d’analyse comparative des empreintes génomiques (ACEG) pour le sous-typage à haute résolution et à haut débit d’A. butzleri. Nous avons eu recours à l’analyse comparative des séquences génomiques de onze souches d’A. butzleri, dont huit nouvellement séquencées dans le cadre du présent projet, pour trouver les gènes accessoires convenant à la production d’empreintes génétiques uniques en vue du sous-typage à haute résolution reposant sur la présence ou l’absence du gène dans une souche donnée. Résultats : Nous avons utilisé un ensemble de 83 gènes accessoires pour examiner la structure des populations d’un ensemble de données regroupant des isolats de sources diverses, y compris des humains, des animaux, des eaux usées et de l’eau de rivière (n = 156). Nous avons par la suite mis au point, au moyen de l’optimisation des marqueurs, un essai simplifié (ACEG40) fondé sur un sous-ensemble de 40 gènes. Nous avons observé des taux élevés de diversité des profils (121 profils distincts) chez les 156 isolats de l’ensemble de données, et l’indice de diversité (ID) de Simpson élevé (ID  >  0,969) que nous avons obtenu montre que l’essai ACEG40 possède un grand pouvoir discriminant. Parallèlement, le fait d’avoir constaté que 115 isolats de cet ensemble de données pouvaient être classés dans 29 clades avec un indice de similarité du profil de 90 % ou plus nous indique que la méthode peut servir à identifier les clades constitués d’isolats génétiquement similaires. Conclusion : L’essai ACEG40 décrit ici associe la haute résolution et la répétabilité à un haut débit pour la caractérisation rapide des souches d’A. butzleri. Cet essai facilitera l’étude de la structure des populations et l’épidémiologie d’A. butzleri.

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