Haplotag: software for haplotype-based genotyping-by-sequencing analysis.

Tinker, N.A., Bekele, W.A., et Hattori, J. (2016). « Haplotag: software for haplotype-based genotyping-by-sequencing analysis. », G3: Genes, Genomes, Genetics, 6(4), p. 857-863. doi : 10.1534/g3.115.024596  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Le génotypage par séquençage (GBS) et les méthodes qui y sont associées sont fondés sur le séquençage à grand débit de courtes lectures de complexité génomique réduite, suivi de la recherche de SNP dans les marqueurs de séquences. Cette approche puissante et bon marché au génotypage de génomes complets facilite l’étude des génomes, l’analyse de la diversité et la sélection moléculaire. Cependant, en raison de la complexité de l’analyse de grands ensembles de données, le génotypage par séquençage peut nécessiter beaucoup de temps, d’expertise et de ressources informatiques. Haplotag, le nouveau logiciel de génotypage par séquençage que nous décrivons ici est gratuit et fonctionne sur des plateformes hautement accessibles avec très peu d’investissement de la part de l’utilisateur. Haplotag offre les caractéristiques uniques suivantes : 1) fonctionne sans génome de référence; 2) peut être utilisé chez une espèce polyploïde; 3) offre un mode de recherche et un mode de production; 4) découvre les polymorphismes selon un modèle d’haplotypes dans des marqueurs séquencés; 5) révèle les SNP ainsi que les génotypes fondés sur des haplotypes; 6) offre un « passeport » intuitif visuel pour chaque locus présumé. Le logiciel Haplotag est optimisé pour les espèces de plantes autopollinisantes.

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