The nasopharyngeal microbiota of feedlot cattle.

Holman, D.B., Timsit, E., et Alexander, T.W. (2015). « The nasopharyngeal microbiota of feedlot cattle. », Scientific Reports, 5(Article number 15557), p. 1-9. doi : 10.1038/srep15557  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Chez les bovins, le nasopharynx joue un rôle important dans la santé et le bien-être des animaux : il sert de réservoir de pathogènes qui causent des maladies respiratoires responsables d’une morbidité et d’une mortalité significatives dans les troupeaux de bovins d’engraissement. Nous avons utilisé le pyroséquençage pour caractériser le microbiote du nasopharynx de bovins à leur entrée dans un parc d’engraissement (jour 0) et au jour 60. Nous avons aussi identifié les bactéries aérobies les plus souvent isolées des écouvillonnages du nasopharynx étalés sur trois types de géloses. Le microbiote du nasopharynx était composé principalement de Proteobacteria (68,9 %) et de Firmicutes (19,2 %). Il y avait plus de variabilité interindividuelle au niveau du genre, et au total, 55 genres ont été identifiés. Les genres les plus courants à l’entrée dans le parc d’engraissement étaient : Pseudomonas (23,7 %), Shewanella (23,5 %), Acinetobacter (17,5 %) et Carnobacterium (12,2 %), alors qu’après 60 jours, les genres les plus courants étaient : Staphylococcus (20,8 %), Mycoplasma (14,9 %), Mannheimia (10,4 %) et Moraxella (9,4 %). Le microbiote du nasopharynx est aussi devenu plus homogène après 60 jours en parc d’engraissement; sa structure au jour 0 était également différente de celle observée au jour 60. Avec des méthodes culturales, les bactéries les plus souvent isolées des écouvillonnages nasopharyngés étaient Bacillus, Staphylococcus, Moraxella, Pasteurella et Mannheimia. Ces résultats donnent un aperçu du microbiote des bovins et montrent que des changements spécifiques se produisent durant l’engraissement.

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