Genome-wide association for heifer reproduction and calf performance traits in beef cattle.

Akanno, E.C., Plastow, G., Fitzsimmons, C.J., Miller, S.P., Baron, V.S., Ominski, K.H., et Basarab, J.A. (2015). « Genome-wide association for heifer reproduction and calf performance traits in beef cattle. », Genome, 58(12), p. 549-557. doi : 10.1139/gen-2015-0031  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Cette étude visait à identifier des marqueurs SNP associés à la variation dans la reproduction des génisses de boucherie et la performance de leurs veaux. Nous avons procédé à une étude d’associations pangénomique avec la méthode de l’indice généralisé de quasi-probabilité (GQLS, pour generalized quasi-likelihood score). Nous avons utilisé le génotype des génisses de la puce BovineSNP50 et les valeurs d’élevage estimées pour le poids corporel avant la reproduction, le taux de gestation, la difficulté au vêlage, l’âge au premier vêlage, le poids du veau à la naissance, le poids du veau au sevrage et le gain de poids quotidien moyen avant le sevrage. Les données provenaient de 785 génisses de remplacement de trois troupeaux de recherche canadiens, notamment du Centre de recherche de Brandon, à Brandon, au Manitoba, de la University of Alberta Roy Berg Kinsella Ranch, à Kinsella, en Alberta, et du Centre de recherche de Lacombe, à Lacombe, en Alberta. Après avoir appliqué une correction pour le taux de fausses découvertes, à un niveau de signification de 5 %, nous avons constaté une association significative entre un total de 4, 3, 3, 9, 6, 2 et 1 SNP et le poids corporel avant la reproduction, le taux de gestation, l’âge au premier vêlage, le poids du veau à la naissance, le poids du veau au sevrage et le gain de poids quotidien moyen avant le sevrage, respectivement. Ces SNP se trouvaient sur les chromosomes 1, 5–7, 9, 13–16, 19–21, 24, 25 et 27–29. Les SNP des chromosomes 1, 5 et 24 avaient des effets pléiotropes. Nous avons découvert de nouveaux SNP significatifs qui influent sur les caractères fonctionnels, parmi lesquels plusieurs n’avaient jamais été signalés. Les résultats de cette étude corroborent ceux des études de génétique quantitative sur la transmission héréditaire de ces caractères et fournissent de nouvelles données sur les effets des loci à caractère quantitatif chez les bovins de boucherie. L’identification de ces SNP est un point de départ pour identifier les gènes qui influent sur les caractères de reproduction des génisses et la performance de leurs veaux (poids à la naissance, poids au sevrage et gain de poids quotidien moyen avant le sevrage). Les SNP découverts permettent aussi de mieux comprendre les éléments biologiques sous-jacents à ces caractères et pourraient être utiles à la gestion et à la sélection assistées par des marqueurs ou le génome.

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