Development and validation of Thinopyrum elongatum expressed molecular markers specific for the long arm of chromosome 7E.

Gou, L., Hattori, J., Fedak, G., Balcerzak, M., Sharpe, A.G., Visendi, P., Edwards, D.J., Tinker, N.A., Wei, Y.-M., Chen, G-Y., et Ouellet, T. (2016). « Development and validation of Thinopyrum elongatum expressed molecular markers specific for the long arm of chromosome 7E. », Crop Science, 56(1), p. 354-363. doi : 10.2135/cropsci2015.03.0184  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

La lignée d’addition ditélocentrique CS-7EL du cultivar de blé de printemps (Triticum aestivum L.) Chinese Spring (CS) contient le long bras du chromosome 7E du Thinopyrum elongatum (CS-7EL), qui confère une forte résistance à la fusariose de l’épi. Cette lignée intéresse beaucoup les sélectionneurs qui cherchent à intégrer le ou les locus de résistance du Th. elongatum dans des variétés de blé commerciales. Notre étude visait à identifier des gènes candidats exprimés sur le chromosome 7EL de la lignée CS-7EL, à mettre au point des marqueurs moléculaires de ce chromosome et à valider leur utilité pour caractériser la recombinaison au sein d’un des chromosomes du groupe 7 entre le blé et le Th. elongatum. Nous avons séquencé des banques d’ADNc de blé CS témoin et de blé CS-7EL infectés par le Fusarium graminearum au moyen de la technique à haut débit RNA-Seq. Nous avons appliqué une stratégie bioinformatique par étapes pour assembler les séquences obtenues par RNA‐Seq et créer une liste restreinte de gènes candidats exprimés sur le chromosome étranger 7EL. Nous avons créé des paires d’amorces de réaction en chaîne de la polymérase (PCR) et les avons testées pour 135 gènes candidats. Nous avons réussi à mettre au point 48 marqueurs moléculaires exprimés spécifiques du chromosome 7EL. Le criblage de la descendance de deux familles BC1F2 issues du croisement CS‐7E(7D) × 2*CSph1b a montré que ces marqueurs étaient utiles pour caractériser les recombinaisons entre le chromosome 7D du blé le chromosome 7E du Th. elongatum.

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