Specific identification and detection of Pantoea stewartii subsp. stewartii using a membrane-based multi-gene oligonucleotide array.

Tambong, J.T. (2015). « Specific identification and detection of Pantoea stewartii subsp. stewartii using a membrane-based multi-gene oligonucleotide array. », Canadian Journal of Plant Pathology. doi : 10.1080/07060661.2015.1113442  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

L’agent pathogène (Pantoea stewartii subsp. stewartii; PSS) de flétrissement de Stewart du maïs sucré est une bactérie de quarantaine, qui exigent la certification des grains avant l’expédition vers plus de 60 pays. Cette étude indique le développement et la validation de la première macropuce multi-gènique pour la détection et la différenciation spécifique de Pss de sous-espèce Pantoea stewartii subsp. indologenes (Psi) et d’autres espèces de Pantoea à l’aide de l’ADN, ou l’ARN après génération d’ADNc. La technique consiste l’amplification par PCR en multiplex (16S ARNr, leuS, gyrB, rpoB, cpsD) à l’aide des amorces universel et spécifiques dans une seule réaction, suivie de l’hybridation des sondes marquées avec digoxigénine sur 22 (19- à 24-mers) oligonucléotides spécifiques immobilisée sur une membrane de nylon. La sensibilité de la macropuce (10 fg d’ADN) se compare favorablement avec TaqMan PCR en temps réel. La spécificité et la fiabilité de la macropuce ont été evaluées avec 65 souches bactériennes composées des espèces de Pantoea et d’autres genres bactériens. La détection spécifique de Pss dans les feuilles de maïs infectés et d’homogénats de semences a également été validée à l’aide de plantes inoculées en chambre de croissance. Cette macropuce multi-gènique d’ADN pourrait être un outil fiable pour la détection courante et spécifique de Pss.

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