Taxonomic reassessment of N4-like viruses using comparative genomics and proteomics suggests a new subfamily - “Enquartavirinae”.

Wittmann, J., Klumpp, J., Moreno Switt, A.I., Yagubi, A.I., Ackermann, H.-W., Wiedmann, M., Svircev, A.M., Nash, J.H.E., et Kropinski, A.M. (2015). « Taxonomic reassessment of N4-like viruses using comparative genomics and proteomics suggests a new subfamily - “Enquartavirinae”. », Archives of Virology, 160(12), p. 3053-3062. doi : 10.1007/s00705-015-2609-6  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

À l’heure actuelle, la base de données GenBank contient des données de séquence de 33 virus de type N4, dont un seul phage N4 d’Escherichia officiellement reconnu par l’ICTV. Le genre N4likevirus est unique par le fait que ses membres possèdent une ARN polymérase de très grande taille associée au virion. Nous avons utilisé divers outils protéomiques, génomiques et phylogénétiques pour démontrer que les phages de type N4 ne sont pas monophylétiques et que le type N4 est en fait un orphelin génomique. Nous proposons la création de quatre nouveaux genres : “G7cvirus” (comprenant les phages G7C, IME11, KBNP21, vB_EcoP_PhAPEC5, vB_EcoP_PhAPEC7, Bp4, EC1-UPM et pSb-1), “Lit1virus” (LIT1, PA26 et vB_PaeP_C2-10_Ab09), “Sp58virus” (SP058 et SP076) et “Dss3virus” (DSS3φ2 et EE36φ1). Nous proposons également que le coliphage N4, les membres du genre “G7cvirus”, le phage Ea9 2 d’Erwinia et le phage JWAlpha d’Achromobacter soient considérés comme des membres de la même sous-famille, que nous appellerions « Enquartavirinae ».

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