Candidate Gene Identification with SNP Marker-Based Fine Mapping of Anthracnose Resistance Gene Co-4 in Common Bean.

Burt, A.J., William, H.M., Perry, G.E., Khanal, R., Pauls, K.P., Kelly, J., et Navabi, A. (2015). « Candidate Gene Identification with SNP Marker-Based Fine Mapping of Anthracnose Resistance Gene Co-4 in Common Bean. », PLoS ONE, 10(10 (e0139450)), p. 1-19. doi : 10.1371/journal.pone.0139450  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

L’anthracnose, causée par le champignon Colletotrichum lindemuthianum, est une importante maladie du haricot commun (Phaseolus vulgaris). Les allèles au locus Co–4 confèrent une résistance à un certain nombre de races du C. lindemuthianum. Nous avons utilisé une population de 94 lignées pures recombinantes F4:5 issues d’un croisement entre le haricot noir B09197, génotype résistant, et le petit haricot rond blanc ‘Nautica’, cultivar sensible, pour identifier des marqueurs associés à la résistance sur le chromosome 8 (Pv08), où se trouve le locus Co–4. Nous avons utilisé trois marqueurs SCAR dont le lien avec Co–4 était déjà connu ainsi qu’une série de marqueurs SNP pour le génotypage. Les marqueurs nous ont permis de cibler une région physique précise du Pv08 qui était associée à la résistance à l’anthracnose, puis nous avons effectué une recherche BLAST avec cette région et la séquence génomique de l’obtention de haricot commun G19833. Nous avons ainsi identifié 32 gènes candidats uniques annotés répartis dans une région physique de 936,46 kb. La majorité de ces gènes annotés présentait des similarités fonctionnelles avec les domaines contenant des répétitions riches en leucine (LLR) et des kinases de type récepteur. Trois gènes annotés présentaient des similarités avec les domaines de la 1,3-β-glucanase. En outre, nous avons observé des similarités entre les séquences de certains des gènes ciblés durant l’étude et les gènes codant les phosphoinositides phosphilipases C associés au locus Co-x et au locus COK–4 découvert dans le cadre d’études antérieures. Il est possible que le locus Co–4 soit composé d’un groupe de gènes possédant des domaines fonctionnels dominés par une protéine tyrosine kinase, des répétitions riches en leucine/des sites de liaison aux nucléotides, des phosphilipases C et des β-glucanases.

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