Genome-wide association and genomic prediction of breeding values for fatty acid composition in subcutaneous adipose and longissimus lumborum muscle of beef cattle.

Chen, L., Ekine-Dzivenu, C., Vinsky, M.D., Basarab, J.A., Aalhus, J.L., Dugan, M.E.R, Fitzsimmons, C.J., Stothard, P., et Li, C. (2015). « Genome-wide association and genomic prediction of breeding values for fatty acid composition in subcutaneous adipose and longissimus lumborum muscle of beef cattle. », BMC Genetics, 16(1: Article number135), p. 1-15. doi : 10.1186/s12863-015-0290-0  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Contexte. L’identification des variants génétiques associés à la composition en acides gras du bœuf permettra de mieux comprendre l’influence de la génétique de l’hôte sur le caractère et d’améliorer plus efficacement les profils d’acides gras du bœuf par la sélection génomique et la gestion de l’alimentation à l’aide de marqueurs. Dans cette étude, nous avons mesuré 81 et 83 caractères d’acides gras dans le tissu adipeux sous-cutané (SC) et dans le muscle longissimus lumborum (LL), respectivement, chez 1366 bouvillons et génisses de boucherie de races pures et croisées qui ont été génotypés au moyen de la puce BovineSNP50 d’Illumina. Notre objectif était de mener des études d’association pangénomiques (GWAS, pour genome-wide association studies) des caractères liés aux acides gras et d’évaluer la précision de la prédiction génomique en ce qui a trait à la composition en acides gras en utilisant la meilleure prédiction génomique linéaire non biaisée (GBLUP, pour genomic best linear unbiased prediction) et des méthodes bayésiennes. Résultats. En tout, nous avons identifié 302 et 360 SNP importants d’autosomes associés à la composition en acides gras dans les tissus SC et LL, respectivement. La proportion de variance génétique totale expliquée par des SNP individuels variait de 0,03 à 11,06 % dans le tissu SC et de 0,005 à 24,28 % dans le muscle LL. Des marqueurs ayant des effets relativement importants ont été localisés près des gènes de l’acide gras synthase (FASN), de la stéaroyl-CoA désaturase (SCD) et des gènes sensibles aux hormones thyroïdiennes (THRSP). Pour la majorité des caractères liés aux acides gras que nous avons étudiés, la prédiction génomique s’est révélée assez peu précise (< 0,40). La précision était meilleure (> = 0,50) pour les 10:0, 12:0, 14:0, 15:0, 16:0, 9c-14:1, 12c-16:1, 13c-18:1 et l’indice de santé dans le LL, et pour les 12:0, 14:0, 15:0, 10 t,12c-18:2 et les 11 t,13c + 11c,13 t-18:2 dans le SC. La performance de la méthode bayésienne a été semblable à celle de la GBLUP pour la plupart des caractères, mais s’est révélée beaucoup meilleure pour les caractères touchés par les SNP à effet important, tels qu’identifiés par la méthode GWAS. Conclusions. La composition du bœuf en acides gras dépend de quelques gènes de l’hôte à effets majeurs et de plusieurs gènes à effets mineurs. Avec la taille actuelle des populations d’apprentissage et la densité des marqueurs, la prédiction génomique permet de prédire les valeurs d’élevage de la composition en acides gras du bœuf avec une précision moyenne à assez élevée pour les acides gras ayant une héritabilité moyenne à élevée.

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