Development of E-chromosome Specific Molecular Markers for Thinopyrum elongatum in a Wheat Background.

Chen, S., Gao, Y., Zhu, X., Zhang, C., Cao, W., Fedak, G., He, Z., Chen, X., et Chen, J.M. (2015). « Development of E-chromosome Specific Molecular Markers for Thinopyrum elongatum in a Wheat Background. », Crop Science, 55(6), p. 2777-2785. doi : 10.2135/cropsci2014.08.0539  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Nous avons synthétisé onze amorces en fonction des régions conservées de la transcriptase inverse et de la longue répétition terminale (LTR) des rétrotransposons BARE-1 de l’orge (Hordeum vulgare L.) et RIRE-1 du riz (Oryza sativa L.). Cinquante-deux combinaisons de paires d’amorces basées sur ces 11 amorces ont été utilisées pour amplifier l’ADN de lignées d’addition, de lignées de substitution et des deux parents de Thinopyrum elongatum du blé ‘Chinese Spring’. Nous avons obtenu 145 fragments spécifiques d’ISSR (inter-simple sequence repeat), d’IRAP (inter-retrotransposon amplified polymorphism) et de REMAP (retrotransposon microsatellite amplified polymorphism) répartis sur les sept chromosomes du génome E du Th. elongatum. Nous avons choisi au hasard 60 de ces fragments pour le clonage et le séquençage. Nous avons constaté que 34 d’entre eux n’étaient pas homologues séquences du blé (Triticum aestivum L.) dans GenBank, et ont été considérés comme spécifiques du Th. elongatum. Trente-quatre paires d’amorces fondées sur ces 34 séquences spécifiques ont été synthétisées, et 13 marqueurs spécifiques des chromosomes du Th. elongatum ont été identifiés et convertis en marqueurs SCAR markers. Les résultats montrent que les techniques ISSR, IRAP et REMAP ont une bonne répétabilité dans la mise au point de marqueurs spécifiques de régions chromosomiques amplifiées (SCAR) ayant une bonne stabilité. Les marqueurs SCAR spécifiques que nous avons mis au point peuvent maintenant servir à la détection de chromosomes du Th. elongatum et peut-être même de certains segments introgressés chez le blé.

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