A study of the vaginal microbiome in healthy Canadian women utilizing cpn60-based molecular profiling reveals distinct Gardnerella subgroup community state types.

Albert, A.Y.K., Chaban, B.L., Wagner, E.C., Schellenberg, J.J., Links, M.G., van Schalkwyk, J., Reid, G., Hemmingsen, S.M., Hill, J.E., et Money, D. (2015). « A study of the vaginal microbiome in healthy Canadian women utilizing cpn60-based molecular profiling reveals distinct Gardnerella subgroup community state types. », PLoS ONE, 10(8: Article number e0135620), p. 1-21. doi : 10.1371/journal.pone.0135620  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Le microbiote du vagin joue un rôle important dans la reproduction et la santé générale de la femme. Cependant, les liens entre la structure, la fonction et la dynamique de cette communauté microbienne complexe et la santé demeurent obscurs. Notre étude visait à déterminer la fourchette phylogénétique et l’abondance des procaryotes dans le microbiote vaginal des Canadiennes en bonne santé, non enceintes, de différentes ethnies et en âge de procréer. Des données sociodémographiques, comportementales et cliniques ont été recueillies, et les écouvillonnages vaginaux de 310 femmes ont été analysés. Les profils détaillés des microbiomes vaginaux ont été générés par pyroséquençage de la cible universelle chaperonine-60. Six types de communautés microbiennes (CST, pour community state type) ont été définis par groupement hiérarchique : trois types de communautés dans lesquels le genre Lactobacillus était dominant (L. crispatus, L. iners, L. jensenii), deux dans lesquels le genre Gardnerella était dominant (sous-groupes A et C) et un type « intermédiaire » qui comptait des microbiomes dans lesquels sept autres espèces étaient dominantes ou dans lesquels aucune espèce n’était dominante, mais où des populations minoritaires de Streptococcus, Staphylococcus, Peptoniphilus, E. coli et diverses Protéobactéries étaient co-dominantes. La correspondance frappante entre le score de Nugent et le séquençage profond des différents types de communautés corrobore les données obtenues avec la simple coloration de Gram, alors que les analyses additionnelles révèlent une phylogénie détaillée fondée sur le gène cpn60 et l’abondance estimée des unités taxonomiques opérationnelles (OTU) dans les communautés microbiennes des échantillons vaginaux. L’origine ethnique était la seule caractéristique démographique ou clinique permettant de prédire le type de communauté microbienne, avec des différences entre le microbiote des femmes asiatiques et caucasiennes (p = 0,05). En conclusion, les résultats de cette étude confirment ceux des travaux précédents qui décrivaient quatre sous-groupes de Gardnerella basés sur la séquence du gène cpn60, et mettent en évidence d’autres types de communautés qui n’avaient pas été décrits. Nos résultats décrivent l’éventail des communautés bactériennes trouvées chez les Canadiennes qui ne présentaient aucun problème particulier de santé, et fournissent des données de référence pour les futures études de cohortes d’importance clinique.

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