Evaluation of two novel barcodes for species recognition of opportunistic pathogens in Fusarium.

Al-Hatmi, A.M.S., Van Den Ende, A.H.G.G., Stielow, J.B., Van Diepeningen, A.D., Seifert, K.A., McCormick, W.A., Assabgui, R., Gräfenhan, T., de Hoog, G.S., et Lévesque, C.A. (2016). « Evaluation of two novel barcodes for species recognition of opportunistic pathogens in Fusarium. », Fungal Biology, 120(2), p. 231-245. doi : 10.1016/j.funbio.2015.08.006  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Le genre Fusarium compte plus de 200 espèces parmi lesquelles 73 ont été isolées d’infections chez l’humain. Les Fusarium sont des espèces pathogènes humaines opportunistes qui peuvent causer différentes maladies. C’est en combinant la phylogénie des gènes codant des protéines, comme le facteur d’élongation (TEF1), l’ARN polymérase (RPB2) et une partie de la β‑tubuline (BT2) qu’on peut le mieux identifier les espèces. Les espaceurs internes transcrits 1 et 2 ainsi que le gène codant l’ARNr 5.8S ont aussi été utilisés, mais plusieurs espèces étroitement apparentées ne peuvent être distinguées par les ITS, qui se retrouvent en copies non orthologues chez Fusarium. À l’heure actuelle, des approches morphologiques et phylogénétiques sont utilisées pour décrire les espèces et découvrir des espèces qui n’ont pas encore été décrites. Une fois une espèce décrite, des codes-barres ADN peuvent servir à la détecter par la présence d’une série de nucléotides spécifique. Nous montrons ici l’utilité de deux nouveaux loci à code-barres ADN, la topoisomérase I (TOP1) et la phosphoglycérate kinase (PGK), employés conjointement à des marqueurs courants, comme TEF1, dans l’analyse de 144 souches de Fusarium appartenant à 52 espèces. Notre étude sur les codes-barres TOP1 et PKG montre une concordance avec les données moléculaires obtenues avec TEF1. Les arbres phylogénétiques construits avec les deux nouveaux marqueurs corroborent l’identité des espèces de Fusarium faisant partie de notre échantillon.

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