Identification d'un ensemble de canneberges sauvages et évaluation de leurs liens de parenté grâce à des marqueurs EST-PCR, EST-SSR et ISSR.

An, D., Bykova, N.V., et Debnath, S.C. (2015). « Identification d'un ensemble de canneberges sauvages et évaluation de leurs liens de parenté grâce à des marqueurs EST-PCR, EST-SSR et ISSR. », Canadian Journal of Plant Science, 95(6), p. 1155-1165. doi : 10.4141/CJPS-2015-158  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

La canneberge (Vaccinium marcrocarpon Ait.) est une vigne ligneuse sempervirente au grand potentiel économique qui présente de nombreux bienfaits pour la santé. Il est primordial de sélectionner et d'utiliser des génotypes variés dans tout programme d'amélioration ayant pour but de créer des cultivars à vaste base génétique. Les marqueurs moléculaires jouent un rôle déterminant dans le choix des génotypes. Les auteurs ont examiné 102 clones sauvages recueillis dans quatre provinces du Canada et cinq cultivars avec des fragments inter-microsatellitaires (ISSR), des séquences exprimées doublées de marqueurs microsatellitaires (EST-SSR) et des séquences exprimées avec réaction en chaîne de la polymérase (EST-PCR) pour vérifier leur diversité génétique et voir s'il existait des liens entre eux. Les marqueurs EST-PCR (0,54) et EST-SSR (0,35) révèlent une plus grande fréquence des principaux allèles que les marqueurs ISSR (0,08), mais ces derniers révèlent mieux le polymorphisme et fournissent plus de détails sur celui-ci ainsi que sur l'hétérozygotie prévue que les EST-SSR et les EST-PCR. L'analyse des moyennes par paire non pondérée (UPGMA) permet de séparer les clones sauvages et les cultivars en quatre groupes principaux, ce qui concorde avec les résultats de l'analyse en composantes principales (PCO). L'analyse des variations moléculaires détecte suffisamment de variations parmi les génotypes au sein d'une population et parmi les populations dans une province avec les marqueurs ISSR (respectivement 66 % et 36 %), les EST-PCR (respectivement 72 % et 34 %) et les EST-SSR (respectivement 72 % et 34 %). Les valeurs respectives pour l'analyse combinée sont de 71 % et 35 %. Le recours aux trois types de marqueurs moléculaires a permis de déceler, pour la première fois chez cette espèce du genre Vaccinium, un degré de variation suffisant entre les génotypes pour autoriser leur différenciation et prouver l'utilité de ces technologies en vue de l'identification des génotypes de canneberge dans un matériel génétique varié et une sélection plus efficace des parents dans le cadre du programme actuel d'amélioration de cette culture.

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