Comparative analysis of multiple inducible phages from Mannheimia haemolytica.

Niu, Y.D., Cook, S.R., Wang, J., Klima, C.L., Hsu, Y.-H., Kropinski, A.M., Turner, D., et McAllister, T.A. (2015). « Comparative analysis of multiple inducible phages from Mannheimia haemolytica. », BMC Microbiology, 15(1: Article number 175). doi : 10.1186/s12866-015-0494-5  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Contexte. Mannheimia haemolytica est une bactérie commensale qui vit dans les voies respiratoires supérieures des bovins et qui peut jouer un rôle dans les maladies respiratoires des bovins. Les prophages, courants dans le génome de M. haemolytica, contribuent de manière importante à la diversité de l’hôte. Dans cette étude, nous avons procédé à l’analyse génomique comparative de phages induits chez des souches de M. haemolytica sérotype A1 (535A et 2256A), A2 (587A et 1127A) et A6 (1152A et 3927A). Résultats. Nous avons identifié quatre phages de type P2 (535AP1, 587AP1, 1127AP1 et 2256AP1; génomes : 34,9–35,7 kb; teneur en G+C : 41,5–42,1 %; gènes : 51–53 séquences codantes, CDS, pour coding DNA sequence), quatre phages de type λ (535AP2, 587AP2, 1152AP2 et 3927AP1; génomes : 48,6–52,1 kb; 41,1–41,4 % mol G+C; gènes : 77–83 CDS et 2 ARNt) et un phage de type Mu (3927AP2; génome : 33,8 kb; 43,1 % mol G+C; 50 CDS). Tous les phages de type P2 sont colinéaires avec le phage tempéré φMhaA1-PHL101; les phages 535AP1, 2256AP1 et 1152AP1 sont les plus étroitement apparentés, suivis par 587AP1 et 1127AP1. Les phages lambdoïdes ne sont colinéaires avec aucun autre phage de type λ connu, et 587AP2 est distinct de 535AP2, 3927AP1 et de 1152AP2. Tous les phages de type λ contiennent des gènes codant un système toxine-antitoxine (TA) ainsi que l’hémolysine XhlA associée à la cellule. Le phage de type Mu induit chez 3927A est étroitement apparenté au vestige du phage φMhaMu2 de M. haemolytica PHL21, et des phages de type Mu similaires existent dans le génome des souches M. haemolytica 535A et 587A. Conclusions. Ces résultats font partie des premiers rapports selon lesquels des phages de type λ et Mu peuvent être induits chez M. haemolytica. Comparativement aux phages induits chez des souches commensales de M. haemolytica sérotype A2, ceux induits chez les sérotypes A1 et A6 plus virulents sont plus étroitement apparentés. De plus, lorsque les phages de type P2, λ et Mu coexistaient dans le génome de M. haemolytica, seuls les phages de type P2 et λ ont été détectés à l’induction, ce qui semble indiquer que les phages de type Mu pourraient être plus résistants à l’induction. Par ailleurs, les cassettes de gènes toxine-antitoxine chez les phages de type λ pourraient contribuer à leur persistance dans le génome ou à l’établissement de sous-populations tolérantes (persisters) de M. haemolytica. Il faut approfondir le sujet pour déterminer si l’hémolysine XhlA associée à la cellule codée par les phages de type λ contribue à la pathogénicité et à l’adaptation écologique de M. haemolytica.

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