A molecular modeling approach to understand the structure and conformation relationship of (GlcpA)Xylan.

Guo, Q., Kang, J., Wu, Y., Cui, S.W., Hu, X., et Yada, R.Y. (2015). « A molecular modeling approach to understand the structure and conformation relationship of (GlcpA)Xylan. », Carbohydrate Polymers, 134(Article Number 10025), p. 175-181. doi :  10.1016/j.carbpol.2015.06.036  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Nous avons étudié par modélisation informatique, les relations de structure et de conformérie d’un hétéropolysaccharide, le (GlcpA)Xylane, en fonction de différents poids moléculaires, du rapport Xylp/GlcpA et de la distribution des GlcpA le long des chaînes de xylanes. Les cartes de contour adiabatique du xylobiose, du XylpXylp(GlcpA) et du (GlcpA)XylpXylp(GlcpA) indiquent que l’insertion du groupe latéral (GlcpA) influe sur l’espace de conformérie accessible à la molécule de xylobiose. La méthode RIS-Metropolis indique que l’insertion d’une chaîne latérale de GlcpA induit un effet à la baisse de l’extension calculée de la chaîne pour les faibles rapports GlcpA/Xylp (GlcpA/Xylp = 1/3). La chaîne, toutefois, s’allonge lorsque le rapport GlcpA/Xylp est supérieur à 2/3. On a aussi montré que l’extension spatiale des chaînes de polymères dépendait de la distribution de la chaîne latérale. C’est la distribution aléatoire qui a montré la structure la plus flexible par rapport aux distributions en bloc ou alternes. La présente étude donne un aperçu unique de la dépendance de la rigidité et de la souplesse de diverses molécules de (GlcpA)xylane au rapport et à la distribution des chaînes latérales.

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