The complete genome sequence of the rumen methanogen Methanosarcina barkeri CM1.

Lambie, S.C., Kelly, W., Leahy, S.C., Li, D., Reilly, K., McAllister, T.A., Valle, E.R., Attwood, G.T., et Altermann, E. (2015). « The complete genome sequence of the rumen methanogen Methanosarcina barkeri CM1. », Standards in Genomic Sciences, 10(AUGUST: Article Number 57), p. 1-8. doi : 10.1186/s40793-015-0038-5  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Les espèces de Methanosarcina sont les espèces méthanogènes d’Archaea les plus polyvalentes sur le plan métabolique et peuvent tirer de l’énergie pour leur croissance en produisant du méthane par la voie hydrogénotrophe, acétoclaste ou méthylotrophe. Nous avons isolé Methanosarcina barkeri CM1 du rumen d’une vache Friesian de Nouvelle-Zélande broutant un pâturage d’ivraie et de trèfle, et séquencé son génome pour obtenir des données sur la diversité phylogénétique des méthanogènes du rumen en vue de mettre au point des technologies de réduction de la production de méthane. Le chromosome de 4,5 Mb a une teneur moyenne en G + C de 39 % et code 3 523 gènes codant des protéines, mais n’a aucune séquence de plasmide ou de prophage. Le contenu génique est très comparable à celui de M. barkeri Fusaro, une souche isolée des sédiments d’eau douce. La souche CM1 a un complément de gènes complet pour les trois voies de la méthanogenèse, mais son génome présente de nombreuses différences par rapport à celui des autres méthanogènes du rumen ayant été séquencés. Par conséquent, les stratégies visant à réduire la production de méthane chez les ruminants doivent intégrer des données sur les différents méthanogènes présents dans le rumen.

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