Identification of biomarker genes for resistance to a pathogen by a novel method for meta-analysis of single-channel microarray datasets.

Wójcik, P.I., Ouellet, T., Balcerzak, M., et Dzwinel, W. (2015). « Identification of biomarker genes for resistance to a pathogen by a novel method for meta-analysis of single-channel microarray datasets. », Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 13(4: Article number 1550013), p. 1-19. doi : 10.1142/S0219720015500134  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

La recherche de méthodes rapides et fiables pour l’extraction de gènes biomarqueurs, notamment ceux qui sont responsables de la résistance d’une plante à un pathogène donné, est un problème d’exploration de données parmi les plus importants et les plus exploités en bio‑informatique. Dans le présent article, nous décrivons une méthode simple et efficace adaptée à la combinaison des résultats de multiples expériences menées à l’aide de biopuces à canal unique en vue d’une métaanalyse. Une nouvelle technique présentée ici fait appel à la logique floue pour la sélection initiale des gènes ainsi qu’à l’algorithme d’apprentissage automatique AdaBoost pour la récupération d’un ensemble de gènes où les profils d’expression diffèrent le plus entre la classe « résistant » et la classe « sensible ». À des fins de validation de principe, nous avons appliqué notre méthode à l’analyse d’un ensemble de données sur l’expression génique provenant de nombreuses expériences indépendantes réalisées avec des biopuces sur du tissu d’épi de blé, et ce, afin de mettre en évidence les gènes biomarqueurs de la résistance au champignon Fusarium graminearum. Nous avons utilisé des données de biopuces de nombreuses expériences effectuées sur des lignées de blé de différents niveaux de résistance. Nous avons validé l’ensemble de gènes résultant au moyen d’épreuves PCRq.

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