Annotating biodiversity data via the Internet.

Tschöpe, O., Macklin, J.A., Morris, R.A., Suhrbier, L., et Berendsohn, W.G. (2013). « Annotating biodiversity data via the Internet. », Taxon, 62(6), p. 1248-1258. doi : 10.12705/626.4  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Les spécimens biologiques conservés dans les collections de recherche recèlent des informations de base fondamentales pour les études en systématique. De façon classique, ces informations sont transcrites sous forme manuscrite par des spécialistes et demeurent directement associées aux spécimens. Ces annotations, complément d’information ajouté ultérieurement aux données originales, fournissent un important mécanisme de contrôle de la qualité. Elles accroissent la valeur des spécimens d’herbier et documentent l’évolution des concepts taxinomiques au fil du temps. Il est de plus en plus facile d’accéder aux données associées aux spécimens via Internet, mais le système général d’annotation en ligne qui ferait en sorte que le partage conventionnel des données et la documentation des données associées aux spécimens se poursuivent une fois l’information mobilisée par numérisation fait actuellement défaut. Nous passons en revue les conditions préalables à la mise en place d’un tel système d’annotation, notamment l’élaboration de normes relatives aux données, la mise en place d’un dépôt des données, un accès au système et l’établissement des rôles des utilisateurs. Nous introduisons également une solution exemplaire élaborée dans le cadre du projet AnnoSys financé par la DFG. La mise en œuvre d’AnnoSys est effectuée en utilisant l’exemple des données de collections et d’observations dans le domaine de la botanique telles que rendues accessibles par les réseaux GBIF/BioCASe. Ce système fournit une interface conviviale qui permet aux chercheurs de produire et de découvrir des annotations. Si une mention a été annotée, tant l’annotation que la mention seront entreposées dans un dépôt de données relié via un identifiant pérenne et seront accessibles via les interfaces d’AnnoSys. Les responsables de collections et les scientifiques intéressés par un sous-ensemble précis de données seront informés concernant les annotations pour lesquelles ils auront exprimé leur intérêt. Nous examinons AnnoSys en relation avec le projet FilteredPush, qui a également pour but de faciliter l’accès aux annotations en ligne et la communication de telles annotations mais qui utilise une approche différente.

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