Rapid identification of the Leptosphaeria maculans avirulence gene AvrLm2 using an intraspecific comparative genomics approach.

Ghanbarnia, K., Fudal, I., Larkan, N.J., Links, M.G., Balesdent, M.H., Profotová, B., Fernando, W.G.D., Rouxel, T., et Borhan, M.H. (2015). « Rapid identification of the Leptosphaeria maculans avirulence gene AvrLm2 using an intraspecific comparative genomics approach. », Molecular Plant Pathology, 16(7), p. 699-709. doi : 10.1111/mpp.12228  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Des études antérieures de clonage positionnel des gènes ont identifié cinq gènes d’avirulence du Leptosphaeria maculans, agent de la jambe noire du canola (Brassica napus). Dans le cadre de la présente étude, nous avons utilisé une approche génomique comparative pour cloner le phénotype AvrLm2, qui avait déjà été cartographié. Étant donné que le phénotype AvrLm2 ne présentait pas de polymorphisme de présence–absence, nous avons séquencé de nouveau 36 isolats de L. maculans et avons analysé les polymorphismes nucléotidiques (SNP) au niveau de gènes prédits codant de petites protéines sécrétées, à l’intérieur des intervalles de la carte. Nous avons identifié trois SNP coïncidant avec le phénotype AvrLm2 à l’intérieur du gène LmCys1, qui avait déjà été identifié comme un gène codant un effecteur présumé. La complémentation d’un isolat virulent avec le gène LmCys1, utilisé comme allèle candidat du phénotype AvrLm2, a permis de rétablir le phénotype avirulent chez les lignées de B.  napus contenant la protéine Rlm2. Le gène AvrLm2 code une petite protéine riche en cystéine qui présente peu de similitudes avec les autres protéines présentes dans les bases de données publiques. Contrairement à d’autres gènes d’avirulence, le gène AvrLm2 se trouve dans un petit segment riche en GC situé à l’intérieur d’un isochore riche en AT du génome, et il n’était jamais entièrement supprimé chez les isolats virulents.

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