Next-generation whole-genome sequencing platforms and factors to consider for bacterial applications.

Hassan, Y.I., Lepp, D., et Zhou, T. (2015). « Next-generation whole-genome sequencing platforms and factors to consider for bacterial applications. », Journal of Microbiology, Biotechnology and Food Sciences, 5(1), p. 29-33. doi : 10.15414/jmbfs.2015.5.1.29-33  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Les microbiologistes utilisent de plus en plus les technologies de séquençage de nouvelle génération (SNG) pour caractériser les isolats bactériens. On peut maintenant obtenir l’ébauche d’un génome en quelques jours seulement. Avec les progrès récents dans le SNG, l’accessibilité financière et la faisabilité de cette technique se traduira sans doute bientôt par la pratique courante de celle-ci dans les laboratoires de microbiologie clinique et environnementale au lieu qu’elle soit réservée aux laboratoires de recherche. Cette note technique, qui vise le microbiologiste n’ayant qu’une connaissance limitée des technologies de SNG, porte sur les plateformes commerciales les plus couramment utilisées. Nous présentons ici les avantages et les inconvénients de chacune, et expliquons la terminologie technique nécessaire pour planifier l’assemblage d’un génome bactérien.

Date de modification :