Computational Identification and Comparative Analysis of miRNAs in Wheat Group 7 Chromosome.

Deng, P.C., Nie, X.J., Wang, L., Cui, L., Liu, P.X., Tong, W., You, F.M., et les autres (2014). « Computational Identification and Comparative Analysis of miRNAs in Wheat Group 7 Chromosome. », Plant Molecular Biology Reporter, 32(2), p. 487-500. doi : 10.1007/s11105-013-0669-x  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Les micro-ARN (miRNA) forment une classe d’éléments biologiques importants qui régulent l’expression des gènes, chez les plantes et les animaux, en réprimant leur traduction ou en dégradant leurs transcrits. L’origine, la distribution et l’évolution des gènes codant des miRNA ont été étudiés de manière systématique dans de nombreux modèles végétaux, mais ils ne sont pas bien compris chez le blé. Dans cette étude, nous avons identifié systématiquement les précurseurs de miARN ainsi que les miARN matures des chromosomes du groupe 7 du blé, par analyse informatisée des séquences de chromosomes isolées. En tout, 716 précurseurs appartenant à 43 familles de miARN ont été identifiés. Parmi ces familles, 12 (27,91 %) n’étaient pas connues chez le blé. Des analyses plus poussées ont révélé qu’il existait, sur le chromosome 7D, des miARN moins matures et plus de précurseurs de miARN que sur les chromosomes 7A et 7B, laissant supposer que les chromosomes homologues du groupe 7 du blé avaient éliminé certains des précurseurs de miARN qui pouvaient donner les mêmes miARN et qu’ils avaient formé un réseau de régulation plus précis grâce aux deux hybridations qu’a connues le blé. Nous avons aussi prédit les gènes cibles de tous les miARN nouvellement identifiés. Les résultats de cette étude aident à mieux comprendre la distribution des miARN chez le blé et leur rôle évolutionnaire dans la polyploïdisation.

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