Development and transferability of black and red raspberry microsatellite markers from short-read sequences.

Dossett, M.P., Bushakra, J.M., Gilmore, B., Koch, C.A., Kempler, C., Finn, C.E., et Bassil, N.V. (2015). « Development and transferability of black and red raspberry microsatellite markers from short-read sequences. », Journal of the American Society for Horticultural Science, 140(3), p. 243-252.

Résumé

La mise au point des technologies de séquençage de nouvelle génération, ou séquençage massivement parallèle, s’est avérée fort utile au développement de marqueurs moléculaires économiques, notamment chez les espèces non modèles. Nous démontrons ici l’efficacité de la mise au point de marqueurs microsatellites (ou SSR) à partir de courtes séquences de lecture chez le framboisier (Rubus idaeus L.) et le framboisier noir (R. occidentalis L.), nous comparons la transférabilité des marqueurs entre les espèces et nous vérifions si le taux de polymorphisme des marqueurs récupérés peut être amélioré par la manière de choisir les séquences des marqueurs. Avec 28 536 412 lectures du R. occidentalis L. et 27 430 159 lectures du Rubus idaeus L., nous avons identifié plus de 6000 microsatellites chez chaque espèce et en avons choisi 288 (144 de chaque espèce) pour les essais. En tout, nous avons identifié 166 paires d’amorces de microsatellites ayant un polymorphisme informatif chez une ou chez les deux espèces. Les taux de polymorphisme des microsatellites choisis en fonction du pourcentage (90 % à 97 %, comparativement à ≥ 98 %) de similarité au groupe de lectures ne différaient pas entre eux, ni de ceux provenant de singletons. L’efficacité de récupération des microsatellites polymorphes était presque deux fois plus élevée chez le framboisier noir avec des séquences provenant du framboisier noir qu’avec des séquences provenant du Rubus idaeus L., alors que cette efficacité de récupération chez le Rubus idaeus L. ne variait pas avec la provenance des séquences des amorces. La mise au point de marqueurs microsatellites transférables entre le Rubus idaeus L. et le R. occidentalis L. pour la sélection assistée par marqueurs, l’évaluation de la colinéarité des génomes de même que pour faciliter les études comparatives chez les espèces du genre Rubus L. sera plus efficace avec des microsatellites issus de séquences du framboisier noir.

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